设置边界条件在分子动力学模拟中优先级很高,所以第二条命令要写边界条件,语法是 boundary <x> <y> <z> #举例:boundary p p p boundary p p p就是指三个方向上都是周期性边界条件。这个设置在LAMMPS中最常用。LAMMPS中还提供了其他类型的边界条件,常用的有固定边界条件(f)和缩放边界条件(s)。当我们需要在...
run命令特别简单,就是告诉LAMMPS你要run多少步。通常我们会设置好几个run命令。第一个run让系统弛豫达到热力学平衡。然后使用fix施加某种操作,输出某些信息,执行第二个run,继续使用fix,run。。。直到实现我们所有的目的。 run 1000000 以上就是建立in文件的全部过程。掌握了这些就对LAMMPS的模拟流程有个基本了解。要模...
【LAMMPS】基础教程2—LAMMPS的下载与安装 🌈【LAMMPS】基础教程-01 LAMMPS的下载与安装#LAMMPS #分子动力学模拟 #MS #理论计算 #科研 - MS杨站长于20240929发布在抖音,已经收获了2798个喜欢,来抖音,记录美好生活!
12-1 DPD模拟水,油,两性分子(模拟确认) 13-1金属体系一级相变-凝固、结晶、熔化(1-常用命令简单介绍)(1) 13-1金属体系一级相变-凝固、结晶、熔化(1-常用命令简单介绍)(2) 13-2金属体系一级相变-凝固、结晶、熔化(in 文件) 14-1 水在石墨烯表面行为 14-2 有机分子、气体在纳米孔道中的平衡和非平衡...
Lammps视频教程、分子动力学模拟 dreamboatlzb 编辑于 2024年01月05日 20:26 ERROR on proc 0: Incorrect format of Dihedrals section in data file (../atom.cpp:1210)请问up主,我的data文件是用ms建模然后转换来的,前面的报错信息说dihedrals部分的形式不对是什么原因吗?
对相互作用系数可以不写在data文件,对相互作用取决于原子类型,故也是14种。在read data文件之前要在in文件中先确定相互作用类型。如下图,靠前六行就是在声明。 接下来,是各种相互作用的类型。 随后是原子的类型,因为这是full类型,参考手册,要求声明七项,具体见下下图。然后就是两千多的粒子的数据了。
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12-1 DPD模拟水,油,两性分子(模拟确认) 13-1金属体系一级相变-凝固、结晶、熔化(1-常用命令简单介绍)(1) 13-1金属体系一级相变-凝固、结晶、熔化(1-常用命令简单介绍)(2) 13-2金属体系一级相变-凝固、结晶、熔化(in 文件) 14-1 水在石墨烯表面行为 14-2 有机分子、气体在纳米孔道中的平衡和非平衡...