转录组/蛋白组+代谢联合分析策略包括: (1)代谢物和编码代谢物的上游基因/蛋白的表达一致性分析,从而解析代谢物编码基因/蛋白对下游代谢物的影响; (2)转录/蛋白和代谢物的表达相关性分析,从而揭示mRNA和代谢物在表达水平上的相关性,从而反应其在生物学过程或疾病进程中发挥的协同或者抑制作用; (3)分析不同作用因子...
转录组代表了基因表达的中间状态,可以反映诸如转录调控、转录后调控的机理;蛋白组代表生物体直接功能执行状态,可以反应转录本真实的表达情况;而代谢组可以反映生物体表型的状态变化。转录组+蛋白组+代谢组的多组学分析可以同时实现从“因”和“果”两个层面来探究生物学问题,相互间进行验证,从海量的数据中筛选出关键...
转录组+蛋白组的联合分析的从差异基因和差异蛋白入手进行关联分析,使用KEGG的注释信息来对转录组和蛋白组进行关联,注释到同一个KEGG Functional ortholog编号(K 开头的编号)的基因和蛋白被记为一对有关联的基因和蛋白。如果使用转录组数据建库,得到的蛋白ID与转录本ID格式相同,通过人为指定的方式将基因和蛋白一一对应起...
转录组代表了基因表达的中间状态,可以反映诸如转录调控、转录后调控的机理;蛋白组代表生物体直接功能执行状态,可以反应转录本真实的表达情况;而代谢组可以反映生物体表型的状态变化。转录组+蛋白组+代谢组的多组学分析可以同时实现从“因”和“果”两个层面来探究生物学问题,相互间进行验证,从海量的数据中筛选出关键基...
在中心法则中,RNA处于重要的中央枢纽地位,转录组作为生信科研中的“万金油”,几乎可以与所有的组学产品联合分析。转录组代表了基因表达的中间状态,可以反映诸如转录调控、转录后调控的机理;蛋白组代表生物体直接功能执行状态,可以反应转录本真实的表达情况;而代谢组可以反映生物体表型的状态变化。转录组+蛋白组+代谢组的...
题目:Transcriptomic, proteomic, and metabolomic landscape of positional memory in the caudal fin of zebrafish 期刊:PNAS 影响因子:9.504 主要技术:转录组、蛋白质组(Label free)、代谢组 研究背景 在…
选取前1000个基因、代谢物和所有蛋白质进行主成分分析。结果显示,疾病状态和年龄是导致转录组、蛋白质组和代谢组变化的主要因素(图2A-F)。显然,CHD-PBS综合征患者、CHD-NPBS综合征患者和健康成人在mrna、蛋白质和代谢物的表达上存在显著差异。在接下来的研究中,我们将定量描述这种差异,并确定不同组学之间的关联。
蛋白质组学和代谢组学结果表明,PAAD中多种代谢过程被异常调控,这种失调与TAM2浸润水平有关。WGCNA证实了丙酮酸和糖酵解/糖异生是TAM2在PAAD中共同表达的代谢途径。基于转录组数据,作者将PAAD样本分为4种与TAM2相关的代谢亚型。代谢亚型各具有临床预后、肿瘤微环境、免疫细胞浸润、化疗药物敏感性和功能机制等特征...
3,组间差异物种分析 4,Lefse分析, 5,功能分析 6,关联环境因子 第五节(周六9:00-11:30) 代谢组学与转录组学、蛋白组学联合分析 1,KEGG数据库的使用 2,代谢通路、富集分析通路的查询 3,整合分析 4,Metscape的使用 5,联合分析网状图的...
本研究使用亚硒酸盐和硒酸盐处理茶树后进行了转录组和蛋白质组测序和分析,获得了差异表达基因和差异表达蛋白。GO分析结果表明,Na2SeO3处理后,氨基酸和蛋白代谢、还原反应强烈上调。KEGG分析结果表明,参与氨基酸和谷胱甘肽代谢的基因上调,参与...