RNA高通量测序（RNA-seq）是转录组测序技术的一种，可以对mRNA、smallRNA和NONcoding RNA等进行测序分析，反映出它们的表达水平。其应用范围包括检测所有mRNA表达量的差异、检测RNA的结构上的差异，以及基因单点突变导致的SNP等。
在过去的十年中,作为一种用于提供高分辨率转录组信息的技术,RNA测序(RNA-Seq)变得越来越流行。转录组是单个细胞或细胞群中所有RNA转录本的集合,转录组数据可以深入揭示从转录调控、细胞分化到致癌作用等的一系列过程。 成功的RNA-Seq首先要制备高质量的RNA文库,其主要步骤是首先将RNA片段化、随后将RNA转化为cDNA、再...
3'-Digital Gene Expression(3'-DGE)RNA-Seq是一种相对较新的 RNA 测序方法。它靶向每个转录本的3'-末端,并针对这种差异基因表达项目进行了优化。3'-Digital Gene Expression中的"digital"指的是计数,这种RNA测序方法有时也被称为 "转录本计数法"。 FT RNA-Seq与3'-DGE RNA-Seq 传统的FT RNA-Seq在cDNA合...
高通量测序(NGS)数据分析涉及多个步骤和使用多种工具,以下是具体做法: 1. 高通量测序技术 常见技术 WGS(Whole Genome Sequencing):测序整个基因组。 WES(Whole Exome Sequencing):测序基因组中编码区(外显子)。 RNA-seq(RNA Sequencing):测序转录本。 ChIP-seq(Chromatin Immunoprecipitation Sequencing):分析蛋白质...
高通量：高通量测序技术能够同时对数百万到数十亿的DNA分子进行测序，这使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能。因此，该技术也被称为深度测序或下一代测序技术。高灵敏度：由于高通量测序技术能够同时检测大量样本，因此可以检测到极低丰度的DNA或RNA序列，从而提高了检测的灵敏度。低成本：相比...
RNA-Seq分三个主要的步骤: 准备一个测序文库 测序 数据分析 1.准备一个测序文库 注意:我使用Illumina协议(protocol)和测序仪(sequencer)作为我的例子,因为他们是常用的,但记住,有其他协议和测序仪是不同的。 第一步:分离RNA 第二步:将RNA打断成小片段 ...
使用二代测序,基于Illumina测序平台的高通量单细胞全长转录组建库方法也在最近的推送中进行了介绍。点击《单细胞全长转录×靶向富集》可以再次阅读了解。 关于ICELL8 cx单细胞分选系统,我们在《Takara高通量单细胞分选系统——助力心血管疾病研究》这一期推送中进行了更详细的介绍。点击题目可以再次阅读了解。
HeliScope测序技术 ➢高通量RNA-Seq技术应用及前景 第一代测序技术 1954年，首次利用多聚核糖核苷酸链的降解法实现DNA测序 第一代测序技术主要代表为：sanger法：由于ddNTP的2´和3´都不含羟基，在DNA合成反应中不能形成 磷酸二酯键，因此可以被用来中断DNA合成反应。在4个DNA合成反应体系中分别加入一定比例的...
☆ RNA-seq的生物信息分析 一、深度测序数据获取 和EBI、DDBJ组成INSDC,数据内容相同所以找NCBI就行。 (一)NCBI常用数据库 GenBank:遗传序列数据库,收集了所有公开的DNA序列及其注释 GEO (Gene Expression Omnibus) :收集整理各种表达芯片数据,后来加入了甲基化、lncRNA、miRNA、CNV等其他芯片,还有高通量测序数据。文...