转录组测序（RNA-Seq，RNA sequencing）是通过高通量测序技术对生物体内全部转录产物（包括mRNA、非编码RNA等）进行测序的技术。转录组测序能够定量检测基因表达、发现新的转录本、分析基因结构变异和识别基因表达调控网络，是揭示基因功能和调控机制的重要手段。一、转录组测序的概念与原理 转录组是指一个细胞、组织或...
转录组测序简称RNA-seq,是一种高通量技术,用于分析细胞或者组织在特定条件下的RNA分子组成,换句话说,RNA-seq是对某个条件下生物体的转录状态拍了一张快照。通过这种技术,研究人员可以了解基因表达的模式,包括哪些基因被激活或抑制,以及它们的表达水平如何变化。 近年来,随着测序成本的不断降低,RNA-seq已经成为生物学...
用oligo-dT磁珠将A提出来,去得很干净, 可以衡量RNA降解 3' Bias:如果RNA发生降解,3’端测到的表达量多,5’端少 但不能去掉无polyA的RNA和 pre-mRNA 法2. 最后通过探针把rRNA去掉 因为有时候要看别的RNA,通过沉降等方法,去掉核糖体,会留下游离核糖体,且有些RNA不在核糖体里,会留下约30%rRNA 在基因组...
转录组是在特定时空条件下细胞中基因转录表达产物,广义的转录组包括信使RNA,核糖体RNA,转运RNA及非编码RNA,狭义上是指所有mRNA的集合,转录组分析能够获得不同基因的表达情况。 1. 数据来源 假设有两个不同组织(PR和SR),每个组织各区三个样本,一共六个样本,利用illumina平台进行转录组测序,得到双端测序数据。数据...
RNA-seq 转录组 转录组学(transcriptomics)的研究对象是全基因组尺度下所有转录本(transcript),即转录组(transcriptome) 转录本测定研究 基于杂交的基因芯片技术 将荧光标记的cDNA制成微阵列探针来测定样本中特定转录本含量。又称为 基因芯片(Gene Chip)、微阵列(Microarry)。
seqfileN [-o output dir]:指定FastQC输出结果的目录,默认情况下,结果将保存在当前工作目录中。 [-(no)extract]:设置是否解压缩输入文件。FastQC可以对gzipped或bzipped的文件进行处理,解压缩文件能够提供更准确的结果。该选项默认为自动解压缩。 [-f fastq|bam|sam]:指定输入文件的格式。可以选择fastq(默认),...
转录组测序 1/1 创建者:非主流音痴 收藏 转录组测序(RNA-seq)分析 10.7万播放 1、RNA-seq概论 08:10 2、RNA-seq原始数据质控 05:19 3、基因表达定量 08:00 4、差异表达分析和富集分析 08:13 5、分析实操 11:415:31:09 【生信技能树】转录组测序数据分析 生信技能树-jimmy 43.3万 2339 ...
转录组测序(RNA-Seq)的研究对象是特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有mRNA的总和。新一代高通量测序技术能够全面快速的获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息,从而准确地分析基因表达差异、基因结构变异、筛选分子标记(SNPs或SSR)等生命科学重要问题。
转录组测序(RNA-seq)为探索全球表达模式,以及识别可变剪接事件,拓宽了新途径。转录组学数据的差异表达分析,能够全基因组鉴定与感兴趣的生物学条件相关的基因或亚型表达变化。这极大地促进了疾病诊断生物标志物的发现、预后和治疗选择。这些证据有助于RNA-seq在临床常规中的应用。