转录组测序（RNA-Seq，RNA sequencing）是通过高通量测序技术对生物体内全部转录产物（包括mRNA、非编码RNA等）进行测序的技术。转录组测序能够定量检测基因表达、发现新的转录本、分析基因结构变异和识别基因表达调控网络，是揭示基因功能和调控机制的重要手段。一、转录组测序的概念与原理 转录组是指一个细胞、组织或...
A Comparative Study of Quantification Measures for the Analysis of RNA-seq Data from the NCI Patient-Derived Models Repository我们发现校正文库大小带来的影响的时候可能会导致低表达基因的表达量发生变化。所以通过Excel直接比较不同基因的表达差异时,用TPM可能会更好。而通过DESeq2等软件进行下游分析时,需要提供...
PCR duplication 做RNA-seq 表达量分析时 去掉PCR重复 找突变,如果duplication很多,会让软件以为该处真的有突变(表达量很高的时候要注意,不要误杀) fastqc software quality control ASCII-33表示quality score :0-255 节约磁盘空间,质量得分(可能占用两个字符)按一定规则(Phred+33或Phred+64)被转换为单个字符表示。
cd xx/RNA-Seq_Practice cp -r xx/Ref . cd Ref gunzip -c chr.fa.gz > chr.fa #解压参考基因组 time hisat2-build -p 1 chr.fa Chr #建立索引文件 完成上述步骤后,将过滤得到的reads比对到参考基因组上。输入文件为两个fasta序列文件,将运行过程中的输出提示重定向到log文件。
seqfileN [-o output dir]:指定FastQC输出结果的目录,默认情况下,结果将保存在当前工作目录中。 [-(no)extract]:设置是否解压缩输入文件。FastQC可以对gzipped或bzipped的文件进行处理,解压缩文件能够提供更准确的结果。该选项默认为自动解压缩。 [-f fastq|bam|sam]:指定输入文件的格式。可以选择fastq(默认),...
RNA-seq 转录组 转录组学(transcriptomics)的研究对象是全基因组尺度下所有转录本(transcript),即转录组(transcriptome) 转录本测定研究 基于杂交的基因芯片技术 将荧光标记的cDNA制成微阵列探针来测定样本中特定转录本含量。又称为 基因芯片(Gene Chip)、微阵列(Microarry)。
转录组测序(RNA-Seq)的研究对象是特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有mRNA的总和。新一代高通量测序技术能够全面快速的获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息,从而准确地分析基因表达差异、基因结构变异、筛选分子标记(SNPs或SSR)等生命科学重要问题。
转录组测序(transcriptome sequencing)是一种利用高通量测序技术来研究转录组的方法,也就是说,它可以用来测定一个特定生物或细胞类型的所有RNA分子。而RNA测序(RNA-seq)是转录组测序的一种,是一种利用深度测序技术特异性地研究转录组中的mRNA(信使RNA)水平的方法。
转录组测序和RNA-seq通常指的是同一种技术。 在某些文献中,"转录组测序"可能被用来泛指一切类型的转录组学研究方法,包括RNA-seq和其他可能的转录组测序方法(如单细胞RNA-seq、靶向RNA测序等)。但在大多数情况下,转录组测序特指利用高通量测序技术进行的转录组学研究,即RNA-seq。