一、转录因子介绍 转录因子(Transcription factors)是一群能与基因特定序列专一性结合,从而保证目的基因以特定的强度在特定的时间与空间表达的蛋白质分子。转录因子通过识别特定的DNA序列来控制染色质和转录,…
转录因子的结合位点(transcription factor binding site,TFBS)是转录因子调节基因表达时,与mRNA结合的区域。按照常识,转录因子(transcription factor,TF)的结合位点一般应该分布在基因的前端,但是,新的研究发现,人21和22号染色体上,只有22%的转录因子结合位点分布在蛋白编码基因的5'端。 图2 转录因子结合位点 分类 真核...
转录子是在基因转录过程中的tRNA上的与mRNA上的密码子相对应的三个碱基序列。tRNA（又叫转运RNA）约含70~100个核苷酸残基，是分子量最小的RNA，占RNA总量的16%，现已发现有100多种。tRNA的主要生物学功能是转运活化了的氨基酸，参与蛋白质的生物合成。各种tRNA的一级结构互不相同，但它们的二级结构都...
a 合成:转录因子从一个染色体上的基因转录成RNA,然后被翻译成蛋白。调控这些步骤中的任何一步都会影响转录因子的产生以及活性,这里存在一个有趣的现象,即转录因子可以被自己调控,例如,在一个负反馈环中,转录因子作为自己的一致子:如果转录因子蛋白与自身基因的DNA结合,它将会抑制自身的产生...
转录因子(transcription factor,TF),也称反式作用因子,是能与位于转录起始位点上游50～5000 bp的顺式作用元件、增强子或沉默子结合并参与调节靶基因转录效率的一组蛋白。 TF可以直接或间接结合RNA聚合酶,通过识别DNA序列中的顺式作用元件而调节启动转录。转录是基因表达的第一阶段,也是基因调节的主...
双重作用的转录因子，它们通过形成凝聚体来稳定基因表达的中间水平。研究者发现双作用转录因子能够在高表达基因处降低表达，并在沉默基因处提高表达，从而实现对基因表达水平的精确调控。其双向转录功能与其相分离能力密切相关。它们虽然与转录的核心组分RNA聚合酶II（Pol II）有一定的亲和性，但与其他活化组分如MED1之间...
在Analysis页面,我们可以提交一个基因列表来构建一个转录调控子网络,其中通过ChIP-seq数据支持的TF-靶基因关系在网络中的用粗线表示。 数据库链接: https://bio.liclab.net/KnockTF/index.php 10 ChIPBase v3.0 ChIPBase v3.0提供全面的非编码RNA和蛋白质编码基因(PCG)的转录调控图谱。通过分析ChIP-seq数据集,ChIP...
SCENIC正式分析的第一步是计算转录因子与每个基因的相关性 ## 基因过滤# 过滤标准:基因表达量之和 > 细胞数*3%,且在1%的细胞中表达genesKept<-geneFiltering(expr_matrix,scenicOptions=scenicOptions,minCountsPerGene=3*.01*ncol(expr_matrix),minSamples=ncol(expr_matrix)*.01)## Maximum value in the expr...
转录因子在几乎所有生物过程和基因表达模式中都发挥着关键作用，但在生物体内表达量极低，常规方法很难检测。据统计，人类基因组中约有1500个转录因子编码基因。转录因子可特异性识别下游靶基因，并构建出转录或转录共调节子与DNA的复合体，从而在调控各种生物过程的激活或者抑制中发挥重要作用。转录因子在生长发育、疾病...
转录因子是一类可以对基因转录进行调控的蛋白质,通过直接或间接与基因启动子区域中顺式作用元件发生特异性相互作用,增强或减弱RNA聚合酶活性,从而促进或抑制基因的表达,在生物体生长发育、信号转导、生物和非生物胁…