转录因子是指能够结合在基因上游特异核苷酸序列(Transcription factor binding site, TFBS,转录因子结合位点;也叫motif)上,并调控基因转录的一类蛋白质。转录因子一般包含至少两种结构域:一个或多个DNA结合域(DNA-binding domain, DBD),通过DBD识别和结合DNA位点;转录效应结构域,包含其他蛋白结合位点,用于结合其他转录参与...
首先,一个转录因子通常可与多个TFBS结合,结合在不同的位点往往执行不同的功能:结合到一个位点时可以激活转录,结合到另一位点可能抑制转录。其次,理论上转录因子可以结合在基因的任何区域,但通常只有结合在启动子区才有生物学意义。最后,转录因子通常不会单独发挥作用,而是与其他转录因子或辅助因子形成复合物,再执行功能。
在接下来的众多分析项目中,我们仅选择Gene Regulatory Networks(GRN)中的TF-gene Interactions。 接着,选择TF-gene Interaction database,我们这里选择JASPAR数据库用于转录因子的预测。 很快,TF-gene的互作网络就完成了构建,如下,点击SIF,可下载sif格式的网络图文件导入到Cytoscape中进行分析和展示。 继续点击Proceed按钮...
关于转录因子调控基序(motif)就不多说了,学过分子生物学的同学应该知道,motifmap和Jaspar主要基于motif进行转录因子预测; 因为转录因子是和DNA结合的,因此通过ChIP实验可以拉下与转录因子结合的DNA片段,结合高通量测序可以得到所有的靶基因,hTFtarget、Cistrome和ENCODE在线工具主要基于该技术; 另外转录因子会调控基因表达,因...
预测转录因子可以帮助我们理解基因表达的调控机制,并为研究细胞功能和疾病提供重要参考。以下是对转录因子预测结果的解读: 1.预测方法:转录因子预测通常基于计算机算法和实验数据,包括DNA序列特征、组蛋白修饰、ChIP-seq数据等。不同预测方法的准确性和可靠性有所差异,需要根据实际应用场景选择合适的方法。 2.预测结果:...
10:c68844277-68754620，因该基因从左到右开始转录，所以应更改为：68842277—68844277，点击update view即可。二：利用JASPAR预测结合位点：1：首页找到脊椎动物Vertebrata，点击进入 2：直接输入转录因子名称，选择物种信息，点击search即可。3：勾选转录因子，点击scan，输入启动子序列，点击scan即可。结合位点信息：
1. 首先我们需要用NCBI来预测目的基因(CCL2)的启动子序列。 打开NCBI的官网(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/),下拉框选择gene,搜索框输入CCL2,点击Search,进入下个界面。 下滑界面,点击CCL2进入下个界面。 下滑。鼠标放在CCL2所在序列框上,...
转录抑制区 也是转录因子调控表达的重要位点,但是对其作用机理研究尚不深入。可能的作用方式有三种:1)与启动子的调控位点结合,阻止其它转录因子的结合;2)作用于其它转录因子,抑制其它因子的作用;3)通过改变DNA的高级结构阻止转录的发生。 转录因子必须在核内作用,才能起到调控表达的目的。因此,转录因子上的核定位序列...
了解如何预测转录因子是基因表达研究中的关键一步。转录因子作为基因表达的调控者，对启动子的控制功能至关重要。寻找转录因子与启动子结合的位点，是基因调控研究的核心。本文将介绍几种常用转录因子预测数据库，以帮助研究人员定位实验方向。首先，TRANSFAC数据库是基于真核生物转录调控的重要资源库，它提供了...
Step4:找到启动子位置和序列: Step5:接下来调用JASPARS数据源 Step6:点击Connect,进行关联 分值越高,p值越小,越严格。即颜色越黑。 找到感兴趣转录因子后,进入JASPARS数据库,查找转录因子和基因的结合位置。 复制基因启动子序列信息。 以上就是预测转录因子并查找结合位点!