前面我们介绍了可以帮助我们确定基因在何时、何地、何种条件下被激活的启动子,接下来我们来聊一下另一个同样重要的物质: 转录因子。按照惯例,我们先来梳理一下概念: 二、转录因子Transcription Factors,TFs 转录因子能特异性地与基因的特定序列结合,通常长度在5至20bp之间,从而确保目标基因在特定时间和空间以特定强度...
而且启动子的控制功能多由转录因子调控。因此,转录因子—启动子结合研究显得尤为重要。 35年来,TRANSFAC数据库不断地在收录转录因子的信息,特别是转录因子靶基因、转录因子结合位点、位置权重矩阵(Positional Weight Matrices, PWM)。而且,TRANSFAC还包含转录因子的蛋白质序列和结构域结构的信息。基于DNA结合结构域的结构,...
2、转录因子结合位点预测 植物转录因子结合位点预测 http://plantregmap.cbi.pku.edu.cn/binding_site_prediction.php 粘贴目标基因的fasta格式序列到文本框,或者直接将序列文件上传到网页上均可点击 prediction 按钮即可。结果如下界面: 结果文件中的motif 列以及family列 的结果都可以点击之后查看具体的motif 信息以及...
1. 获取靶基因启动子 这里我们主要使用NCBI数据库查找基因启动子序列，一般认为启动子位于基因转录起始位点上游2000bp的范围，这里以人源的CD274为例，查询操作如下：在NCBI搜索CD274的基因信息。点进去后下拉到“genomic context”看到CD274在基因组中的方向为正向。这里需要注意基因转录方向是正向还是反向，这一点与...
🌿 转录因子结合位点预测步骤 在AnimalTFDB v4.0中,粘贴序列,点击submit,可查找到与之结合的转录因子; 直接查找想要的转录因子,最后一栏为结合位点。找到后就可进行下游实验,如双荧光、细胞功能实验等进行验证。0 0 发表评论 发表 作者最近动态 肥洋呱呱若箬然 2024-12-15 美国顶尖一年制硕士项目推荐🏆 麻省理工...
默认启动子区域位于转录起始位点上游2kb左右。第二步，通过AnimalTFDB网站获取MYC的候选转录因子名称。以SP1为例。第三步，通过Uniport网站获取候选转录因子SP1的蛋白质序列。第三步，访问 AlphaFold Server（AlphaFold Server需要科学上网，而且建议使用Google浏览器，使用谷歌账号登录）和输入数据进行预测。登录谷歌邮箱账号...
1. 查找基因的启动子区域-NCBI 1. 打开PubMed:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed 2. 选择Gene,输入IL17A,点击search,结果如下图,点击第一个: 3. 下拉到下图位置,可以看到该基因的以下信息: 点击Tools,选择Sequence Text View: 还可以看到如下序列信息: ...
今天我们通过2个方式进行预测: 1、需要用到UCSC、PROMO数据库 首先,我们需要找到lncRNA的启动子序列。 打开UCSC数据库: 举例:HOTAIR 输入:HOTAIR 点击GO 点击红色的那个序列 得到这么一个图,点击红色框, 继续点击, 得到这个界面,我们需要修改一些参数:转录起始位点上游2000nt和下游100nt区域为我们所选的启动子区。
启动子转录因子结合位点是指在启动子区域上,转录因子与DNA 结合的特定位置。预测启动子转录因子结合位点能够帮助我们理解基因调控的机制以及研究基因表达的调控网络。 1.转录因子和启动子 转录因子是一类能够结合到DNA 上特定序列的蛋白质,它们在基因调控中扮演着重要的角色。启动子是基因调控的起始点,它位于基因的上游...
举例：预测人基因ANKH上游2023bp开启子区域中NF-kB旳结合位点 寻找promoter区域 1.用NCBI：2.用UCSC：3.用Ensembl：4.用企业信息（只包括企业拥有promoterclones旳信息）：/ 寻找promoter区域 •NCBI•选择Gene,输入ankh,点击search•选择第一项，人类Homosapiens旳ANKH•Chromosome5location14704909-14871887,...