通过提取基因组DNA,构建基因组DNA文库,再利用HaloTag载体将目的蛋白与HaloTag融合表达,进行亲和纯化,最终捕获目的蛋白和DNA复合物进行测序分析。DAP-seq技术适用于植物样本,特别是转录因子与DNA互作的研究,因其独特的无细胞蛋白表达系统,能够大量表达可溶性的全长蛋白。📊 总结: ChIP-seq:需要ChIP-seq级别抗体,对样本...
在本报告中,作者使用了 96 个针对 Luc2P转录本的独特序列标签引物和 384 个独特序列标签 poly-dT 引物(每孔 4 倍退化率 = 96 个转录组孔标签),这使作者能够在反转录后将 96 孔微孔板汇集起来,然后分别对 TF-seq扩增子和 3′ DGE 文库进行多重测序。 实验结果3 利用TF-Seq 推断通路活动动态 作者将 TF...
Cell Systems | TF-seq | 转录因子测序：一种整合研究系统信号通路的新方法传统的报告基因测定法在研究信号通路中具有局限性，TF-seq（转录因子活性测序）作为新型并行检测技术，通过合成DNA增强子元件，实现了在原代细胞中对40多个信号通路的转录组和转录因子活性的高效测定。在Myd88缺失的巨噬细胞中，TF...
5. Collection PBM HLH 和PBM类似,只不过该类别下是 C. elegans bHLH的19个转录因子的信息,物种不同,该类别下的motif编号以PL开头 6. Collection PBM HOMEO 该类别下包含的是小鼠的转录因子motif信息,是从文献Berger et al (Cell 2008)整理得到的,每个motif编号以PH开头 7. Collection PHYLOFACTS 该类别下分析...
ChIP-Seq是揭示特定转录因子或蛋白复合物的结合区域,实际是研究DNA和蛋白质的相互作用,利用抗体将蛋白质和DNA一起富集,并对富集到的DNA进行测序。 DNase-Seq、ATAC-Seq、FAIRE-Seq都是用来研究开放染色质区域。 DNase-Seq是用的DNase I内切酶识别开放染色质区域,而ATAC-seq是用的Tn5转座酶,随后进行富集和扩增; ...
ATAC测序是一种用于测量染色质的开放性和可及性的高通量测序技术。通过ATAC测序,我们可以了解基因组中哪些区域是开放的,可以被转录因子结合和基因转录调控。ATAC测序的原理是利用转座酶将开放的染色质区域特异地连接到测序接头,然后进行PCR扩增和高通量测序。 ATAC测序的步骤 ATAC测序通常包括以下步骤: 1.细胞或组织的...
转录因子在DNA测序中的作用分析 DNA测序是一种用来获得DNA序列信息的技术。DNA是生物体内遗传信息的载体,而DNA序列是遗传信息的基础。在DNA测序过程中,转录因子扮演着重要的角色。 转录因子是指能够结合到DNA上并在转录过程中调控基因表达的一类蛋白质。转录因子可分为激活子和抑制子,它们各自能够增强或降低基因表达...
@专业第三方检测机构转录组测序得到的有内含子 专业第三方检测机构 转录组测序得到的序列是包含内含子的。因为转录组是整段序列进行转录的,产生的信使RNA包括了外显子和内含子的序列。
然而,转录组测序中外显子比例偏低会对数据分析产生一定的影响。首先,外显子比例偏低会导致基因表达量低。这使得我们很难准确地检测到这些基因的表达量,也很难对它们的差异表达进行分析。这可能会遗漏一些重要的基因,也可能导致一些基因被错误地注释。其次,外显子比例偏低会影响基因注释的准确性。在进行基因注释时,...
基因组上已知的编码区(外显子) 鉴定基因突变、寻找致病基因、遗传疾病诊断 转录组测序(RNA-seq) RNA 细胞内所有转录产物(包括mRNA和非编码RNA) 研究基因表达、发现新基因、基因结构优化、可变剪切等 单细胞测序 DNA或RNA 单个细胞的基因组或转录组 研究细胞异质性、发育过程、癌症起源等 基因组测序(GS) DNA 生物...