蛋白组学—两个蛋白质之间的分子对接 以VTN与SLPI两个蛋白,进行两蛋白之间的分子对接 1 VTN蛋白结构下载 首先在https://www.uniprot.org/中搜索相关基因,如VTN,选择对应的种属,点击Entry编号,uniprot中可以直接跳转PDB数据库https://www.rcsb.org/(也可以复制编号,直接去PDB数据库中去检索),同理
前面我们分享了三种方法来查看分析alphafold3预测的蛋白质互作的结果,除此之外,还可以利用蛋白质与蛋白质分子对接来预测评价两个蛋白质之间的相互作用的可能性以及强弱。分子对接分为刚性对接,半柔性对接,柔性…
我们通常在一篇文章里面看到 蛋白质组学和分子对接技术结合使用。蛋白质组学有助于我们找到样品之间的差异蛋白以及差异蛋白相应的功能。分子对接(docking)有助于理解分子之间的相互作用。那么怎么进行分子对接,…
确认蛋白、配体以及对接盒子; 设置打分函数(Scoring Function)、搜索模式(Search Mode)、保留的结果数量(Number of Results to Keep);打分函数我们选择Vina;“Keep Multi Binding Poses for Each Ligand”:每个配体生成多个构象;“Number of Binding Pose”:生成的构象1个;“Energy Range (kcal/mol)”:选择最优的打...
在进行分子对接时，我们应选择VVS的结合位置作为对接口袋，因为它代表了活性分子对蛋白功能发挥效用的地方。同时，我们不应忽视NAP这样的辅酶。即使它不是直接的配体，但由于NAP与VVS存在直接的相互作用，我们应该将它视为受体的一部分，在对接时保留，以确保对接的准确性和功能完整性。此外，常见的辅酶如ADP、ATP、NAD...
下面来详细介绍分子对接: #1 ■ 历史 最早可追溯到Fisher于1894年提出的“锁钥模型",即药物与体内的蛋白质大分子即受体会发生类似钥匙与锁的识别关系,这种识别关系主要依赖两者的空间匹配。然而,这种说法有局限性,因为分子对接过程中,受体和配体是柔性的,即在结合过程中靶酶和底物的分子构象是变化的,不仅要满足空间...
包括两个主要步骤:1)利用已知的蛋白质-配体复合物结构作为模板,进行模板驱动的分子对接(LigTBM);2)对于没有合适模板的蛋白质,采用一种基于口袋相似性的分子对接方法(PocketDock),通过比对蛋白质结合口袋的物理化学特性,预测代谢物的结合...
利用分子对接预测蛋白质互作的方法主要包括以下步骤：准备蛋白质结构文件：使用PyMOL将AlphaFold3预测的cif结果文件中的两条蛋白质链导出为pdb格式，这是分子对接所需的输入文件。进行分子对接：运用刚性对接软件GRAMM/ZDOCK进行对接操作。输入两个pdb文件，其中一个作为受体保持不动，另一个作为配体进行位置...
在蛋白质-小分子的分子对接中,小分子我使用的是一种氨基酸离子液体,由阴离子与阳离子以不连接的状态...
分子对接（docking）：蛋白质-蛋白质分子对接 尝试所有可能的结合形式，并根据打分函数给每种形式打分排名。对接的过程中会考虑如下因素：形状互补亲疏水性表面电荷分布 两种蛋白质-蛋白质分子对接：RigidDocking刚性对接---目前可用的大多数软件为刚性对接。FlexibleDocking柔性对接---计算量大，可用软件少...