基于物理学原理的方法则是通过模拟蛋白质分子内部的物理过程来得出蛋白质的结构,其精度比基于比对的方法更高,但计算量也更大。 在分子对接技术方面,分子对接技术是指通过计算机模拟来研究分子之间的相互作用,常用于新药研发和分子设计中。 目前常用的分子对接技术包括基于体积网格方法、基于可调节作用位点的对接方法和...
对这些3D结构进行预处理和结构优化。开始分子对接之前，我们需要准备蛋白质和小分子的3D结构，分子对接小分子和蛋白质距离很远需要对这些3D结构进行预处理和结构优化，以便进行合理可靠的分子对接。
目前,蛋白质结构预测算法主要可分为两类:序列比对法和物理模拟法。序列比对法是通过将所研究蛋白质的氨基酸序列与已知的结构已经测定的蛋白质序列进行比对,以此推测目标蛋白质的结构。这种方法基于相似性假设,即相似的序列可能有相似的结构。物理模拟法则是基于蛋白质分子的物理特性和反应规律,利用一系列的计算方法和力场...
评分函数（scoring function）是蛋白质-小分子对接和筛选中的关键要素。传统的评分函数，通常是基于经验函数或分子力场的，又或者是基于统计模型的。比较成功的评分函数有GlideScore[1]和AutoDock Vina score[2]。这些评分函数已被证明有助于小分子的药物筛选和设计。这些传统评分函数的主要优势包括（但不限于）以下...
评分函数(scoring function)是蛋白质-小分子对接和筛选中的关键要素。传统的评分函数,通常是基于经验函数或分子力场的,又或者是基于统计模型的。比较成功的评分函数有GlideScore[1]和AutoDock Vina score[2]。这些评分函数已被证明有助于小分子的药物筛选和设计。这些传统评分函数的主要优势包括(但不限于)以下几点:1...
传统评分函数关注晶体结构中,蛋白质-小分子的亲和力预测,而和上述的Gnina和DeepBSP模型类似,论文作者提出的OnionNet-SFCT模型关注的是小分子的对接构象和真实构象之间的偏差,并可以结合传统评分函数用于多种小分子相关应用场景。 具体来说,作者使用了PDBbind(v2018)[8]中的蛋白质-小分子复合物结构,以及基于这些蛋白质...
在这个算法中我们对结合位点的特征从氨基酸水平、原子水平和结合位点自身水平三个不同的方面进行可计算性的描述,然后采用线性回归算法训练出一套新的线性打分函数,将它与蛋白质-小分子对接软件MDock相结合来预测蛋白质-小分子的结合位点。我们把该方法和现存的其他蛋白质-小分子结合位点预测方法进行比较,发现该方法优于...
lz最近在做分子对接,用的是autodocktool,在把蛋白质去水加氢选为配体后,会生成一个pdbqt文件,我查了师姐之前做的,发现我俩的ATOM数差好多。蛋白质处理步骤都是一样的,有uu知道是为什么吗?赞 回复 转发 赞 收藏 只看楼主 你的回复 回复请先 登录 , 或 注册 ...
最近在学这个有没有大神可以指导一下怎么学，用了Swiss-model建模没有配体，sybly建模氨基酸序列也不知道...
除了可以用ZDOCK来做蛋白质-蛋白质分子对接，还有什么在线网站或者是软件可以做蛋白质和DNA、蛋白质和蛋...