首先,分子对接可以预测分子间的结合方式。在分子模型学领域中,如果两个分子能够形成稳定的复合物,分子对接技术可以准确预测它们的结合方式。 同时,结合方式可以利用评分函数进行评估,进而推断出分子结合力的强弱。 其次,分子对接可用于评估结合自由能。结合自由能是衡量体系稳定性的重要指标。当结合自由能的值为负时,表明...
然后我们在可视化菜单中就获得了名为5vcv的文件,右键所需文件并选择split功能将文件分离成由水分子、蛋白质分子和小分子组成文件夹。 紧接着我们选择分离出的达沙替尼分子,即文件夹中的1N1 404文件,右键后选中quick prepare功能,将文件格式转换成mol2格式。 在菜单栏中选择Function-Docking,右侧将会弹出Docking相对应...
[72] 5.10 蛋白质-小分子分子对接 592播放 06:05 [73] 5.10 蛋白质-小分子分子对接 924播放 待播放 [74] 5.11 虚拟筛选与反向对接 732播放 04:20 [75] 5.11 虚拟筛选与反向对接(上) 774播放 10:23 [76] 5.11 虚拟筛选与反向对接(下) 1357播放 10:25 [77] 5.11 虚拟筛选与反向对接 1527播放...
AutoDock蛋白-分子对接(详细操作步骤教学) 素衣 谱度众合(武汉)生命科技有限公司 研发工程师 在化学分子与蛋白质互作研究中(如药物与靶蛋白),分子对接是一个常用的手段,许多高分期刊中也能看到分子对接的结果。分子对接可以得到配体分子和受体蛋白的结合位置及其结合强度。在模拟对接过程中会得到很多个分… ...
具体操作流程如下：第一天：上午，背景与理论知识以及工具准备，包括PDB数据库的介绍和使用、Pymol的介绍与使用、notepad的介绍和使用。下午，一般的蛋白-配体分子对接讲解，包括对接的相关理论介绍、常规的蛋白-配体对接、以新冠病毒蛋白主蛋白酶靶点及相关抑制剂为例。第二天：虚拟筛选，包括小分子数据库的...
本研究拟利用分子对接技术研究小分子-蛋白质相互作用,具体研究内容如下: 1.选取相关的小分子和蛋白质分子,构建它们的三维结构模型。 2.运用分子对接软件,进行小分子-蛋白质的分子对接计算,并得到相应的模拟结果。 3.对模拟结果进行分析,评估小分子在蛋白质分子上的结合亲和力、结合方式等因素,并筛选出可能的药物分子...
以MYT1激酶与达沙替尼为例，首先从pdbbank获取复合物晶体文件5vcv，导入文件并分离成水分子、蛋白质分子和小分子文件。接着准备达沙替尼分子，转换其格式为mol2。配置Docking流程，选择配体和蛋白质，并设置打分函数、搜索模式和保留结果数量。最后，提交任务并检查结果。通过MediElixir，用户能够直观地了解...
结合能计算:我们还可以为您计算小分子与蛋白质的结合能,提供更精确的数值结果。 价格优惠:一个蛋白加一个化合物的结合能计算服务仅需8元,而整体图和局部图的可视化呈现服务也仅需7元。通过这些服务,您可以更好地理解分子对接的过程和结果,为后续的科研工作提供有力支持。
蛋白质-小分子分子对接：AutoDock预处理 在使用AutoDock做分子对接之前，首先应建立一个工作目录，以存放对接过程中所需要以及产生的文件。1.工作目录的建立 在D盘根目录下创建一个工作文件夹test（“D:\test\”）。从课程附件中下载对接需要的蛋白质分子和小分子的PDB文件：ad_protein.pdb和ad_ligand.pdb，存入...
首先加工处理小分子ad_ligand.pdb 给小分子加H原子 给小分子加电荷 加工完成后指定为要对接的ligand 自动确定扭矩中心 确定对接过程中键的旋转与否,绿色为可旋转。 加工完成,将加工结果保存为pdbqt文件。 接下来处理蛋白质分子 先把刚才载入的小分子删除