刚性对接:pydock zdock gramm-x cluspro 精细对接:HADdock rosettadock3 从序列得到复合物(二聚体):coth(类似的还有rosettafold与Af2complex) 蛋白质与蛋白质对接服务器推荐 - 知乎 (zhihu.com) 发布于 2023-09-08 16:25・IP 属地广东 推荐阅读 蛋白质与蛋白质对接服务器推荐 雾里疯子 蛋白功能预测 hedgehogxu...
刚性对接方法包括：pydock、zdock、gramm-x、cluspro。精细对接方法有：HADock、rosettadock3。从序列得到复合物（如二聚体）的方法有：coth。类似的方法还有rosettafold与Af2complex。更多蛋白质与蛋白质对接服务器信息，请参考知乎（zhihu.com）。
首先,获取蛋白质和小分子的三维结构。蛋白质结构可以从蛋白质数据银行(PDB)或其他蛋白质结构数据库中获取。小分子结构可以通过化学软件或数据库获得,也可以通过药物分子的化学结构绘制软件自行绘制。 预处理结构 🔧 对蛋白质和小分子的结构进行预处理,包括去除水分子、添加氢原子、修复缺失的原子等。 选择对接软件 ...
分子对接中结合位点预测网站汇总-V1.0 分子对接结合位点预测方式: 1. 结构基于方法:这种方法通过分析蛋白质的三维结构来预测对接口袋。常用的结构基于方法包括比对已知复合物结构、空穴预测和结构分析。比对已知复合物结构可以识别与目标蛋白质相似的…阅读全文 赞同6 添加评论 分享收藏登录...
功能详解:分子对接可以模拟蛋白质与核酸(如 DNA、RNA)之间的结合情况,确定结合位点和结合模式,有助于揭示蛋白质如何识别和结合核酸,进而影响基因的转录、翻译等过程。 7. 设计具有更高亲和力的蛋白质 - 配体复合物,基于对接结果进行合理的分子设计,优化配体结构以增强与蛋白质的结合。 功能详解:根据分子对接所揭示的...
📖蛋白质与小分子对接是一种重要的计算化学方法,用于预测蛋白质与小分子间的相互作用。以下是详细步骤:1️⃣ 收集结构:首先,获取蛋白质和小分子的三维结构。蛋白质结构可从PDB等数据库获取,小分子结构则可通过化学软件或数据库获取,或自行绘制。2️⃣ 预处理结构:对蛋白质和小分子进行预处理,如去除水分子...
蛋白质-蛋白质分子对接方法是研究蛋白质分子间相互作用与识别的重要理论方法。该方法主要涉及复合物结合模式的构象搜索和近天然结构的筛选两个问题。在构象搜索中,分子柔性的处理是重点也是难点,围绕这一问题,近年来提出了许多新的方法。针对近天然结构的筛选问题,目前主要采用三种解决策略:结合位点信息的利用、相似结构...
包含 E3 连接酶、配体分子和靶标。晶体结构分辨率低于 4 Å。配体为 PROTAC 而非分子粘合剂。数据集组成 数据集包括：三种类型的 E3 连接酶：9 个 VHL，2 个 Cereblon 和 2 个 cIAP。各种 PROTAC 分子。多样化的蛋白质靶标，从激酶到溴结构域，以及参与 DNA 修复的蛋白质。对接准备 准备工作包括使用 VMD...
为进一步验证代谢物与蛋白质的结合,他们开发一个基于AI的分子对接流程,包括两个主要步骤:1)利用已知的蛋白质-配体复合物结构作为模板,进行模板驱动的分子对接(LigTBM);2)对于没有合适模板的蛋白质,采用一种基于口袋相似性的分子对接方法...
蛋白质-蛋白质分子对接方法是研究蛋白质分子间相互作用与识别的重要理论方法.该方法主要涉及复合物结合模式的构象搜索和近天然结构的筛选两个问题.在构象搜索中,分子柔性的处理是重点也是难点,围绕这一问题,近年来提出了许多新的方法.针对近天然结构的筛选问题,目前主要采用三种解决策略:结合位点信息的利用,相似结构的...