在蛋白质组学研究中,通常选择来源于Uniprot的蛋白质组序列数据。Uniprot是全球信息最全面、使用频率最高、冗余度最低的蛋白数据库,可免费获取高质量的蛋白序列和功能信息,数据库由Swiss-Prot(瑞士生物信息研究所)、TrEMBL(欧洲生物信息研究所)和PIR-PSD(蛋白信息资源)三大数据库的数据整合而成。其数据主要来自于基因...
在蛋白质组学研究中,通常选择来源于Uniprot的蛋白质组序列数据。Uniprot是全球信息最全面、使用频率最高、冗余度最低的蛋白数据库,可免费获取高质量的蛋白序列和功能信息,数据库由Swiss-Prot(瑞士生物信息研究所)、TrEMBL(欧洲生物信息研究所)和PIR-PSD(蛋白信息资源)三大数据库的数据整合而成。其数据主要来自于基因...
STRING: 一个数据库和网络资源,提供已知和预测的蛋白质-蛋白质相互作用。 但是蛋白质组数据库并不是蛋白质数据库,主要是ProteomeXchange联盟,它是一个开放的、公共的数据存储平台,专门用于存储和共享质谱(MS)数据。它由多个蛋白质组学数据存储库组成,包括PRIDE Archive、MassIVE、PeptideAtlas 以及iProX等 。 比如我们...
Shotgun法分析蛋白质组一般包含四个步骤:①样本制备;②质谱检测;③数据库检索;④数据分析,步骤①、②已在往期文章中介绍过,本期文章重点讲解质谱检测得到的数据该如何进行搜库处理。 1. 搜库软件简介 在蛋白质组学中,搜库通常是指通过计算机软件对质谱采集的原始谱图数据进行解析,从而获得肽段及蛋白的鉴定和定量信息...
在蛋白质组学研究中,通常选择来源于Uniprot的蛋白质组序列数据。Uniprot是全球信息最全面、使用频率最高、冗余度最低的蛋白数据库,可免费获取高质量的蛋白序列和功能信息,数据库由Swiss-Prot(瑞士生物信息研究所)、TrEMBL(欧洲生物信息研究所)和PIR-PSD(蛋白信息资源)三大数据库的数据整合而成。其数据主要来自于基因...
一个数据库和网络资源,提供已知和预测的蛋白质-蛋白质相互作用。 但是蛋白质组数据库并不是蛋白质数据库,主要是ProteomeXchange联盟,它是一个开放的、公共的数据存储平台,专门用于存储和共享质谱(MS)数据。它由多个蛋白质组学数据存储库组成,包括PRIDE Archive、MassIVE、PeptideAtlas 以及iProX等 。
一蛋白质数据库 1.UniProt (The Universal Protein Resource) 网址:http://www.uniprot.org/ http://www.ebi.ac.uk/uniprot/ 简介:由EBI(欧洲生物信息研究所)、PIR(蛋白信息资源)和SIB(瑞士生物信息研究所)合作建立而成,提供详细的蛋白质序列、功能信息,如蛋白质功能描述、结构域结构、转录后修饰、修饰位点、...
蛋白质组学数据库分享..数据库NCBI http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ EBI http://www.ebi.ac.uk/ DDBJ http://www.ddbj.nig.ac.jp/ GenBa
⑥RefSeq：RefSeq是NCBI提供的一个综合性蛋白质和核酸序列数据库，包含了多个物种的参考序列。它提供了高质量的基因和蛋白质序列、注释信息和参考文献，可用于基因组学、遗传学和生物信息学研究。RefSeq: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/ ⑦STRING：STRING是一个蛋白质互作关系数据库，整合了多种数据源的蛋白...
人类基因组以及多种模式生物、重要生物基因组全序列的完成,标志着生命科学研究进入“后基因组时代 (Postgenome era)”,即功能基因组学(Functional Genomics),如蛋白质组学、代谢组学、营养组学。 功能基因组学从基因整体水平上对生命的活动规律进行阐述,并力求从细胞水平上解决基因组问题,通过建立对生命现象的整体认识...