在蛋白质组学研究中,通常选择来源于Uniprot的蛋白质组序列数据。Uniprot是全球信息最全面、使用频率最高、冗余度最低的蛋白数据库,可免费获取高质量的蛋白序列和功能信息,数据库由Swiss-Prot(瑞士生物信息研究所)、TrEMBL(欧洲生物信息研究所)和PIR-PSD(蛋白信息资源)三大数据库的数据整合而成。其数据主要来自于基因...
在蛋白质组学研究中,通常选择来源于Uniprot的蛋白质组序列数据。Uniprot是全球信息最全面、使用频率最高、冗余度最低的蛋白数据库,可免费获取高质量的蛋白序列和功能信息,数据库由Swiss-Prot(瑞士生物信息研究所)、TrEMBL(欧洲生物信息研究所)和PIR-PSD(蛋白信息资源)三大数据库的数据整合而成。其数据主要来自于基因...
人类基因组以及多种模式生物、重要生物基因组全序列的完成,标志着生命科学研究进入“后基因组时代 (Postgenome era)”,即功能基因组学(Functional Genomics),如蛋白质组学、代谢组学、营养组学。 功能基因组学从基因整体水平上对生命的活动规律进行阐述,并力求从细胞水平上解决基因组问题,通过建立对生命现象的整体认识...
STRING: 一个数据库和网络资源,提供已知和预测的蛋白质-蛋白质相互作用。 但是蛋白质组数据库并不是蛋白质数据库,主要是ProteomeXchange联盟,它是一个开放的、公共的数据存储平台,专门用于存储和共享质谱(MS)数据。它由多个蛋白质组学数据存储库组成,包括PRIDE Archive、MassIVE、PeptideAtlas 以及iProX等 。 比如我们...
⑥RefSeq：RefSeq是NCBI提供的一个综合性蛋白质和核酸序列数据库，包含了多个物种的参考序列。它提供了高质量的基因和蛋白质序列、注释信息和参考文献，可用于基因组学、遗传学和生物信息学研究。RefSeq: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/ ⑦STRING：STRING是一个蛋白质互作关系数据库，整合了多种数据源的蛋白...
Proteomes蛋白组主要是收集已经完成全基因组测序物种的核酸序列翻译所得的蛋白质序列,在进行蛋白组分析时,需从此板块搜索相应物种,并下载蛋白数据库,具体步骤如下。 1. 选择Proteomes,输入物种名称 2. 选择对应物种蛋白数据库 3. 备注:若老师选择迈维代谢做蛋白组学检测,可不用下载蛋白数据库信息,提供物种在Uniprot中...
如果某些稀有物种在Uniprot和NCBI两大网站中都没有数据库,“私人定制”送给你! 1. 转录组测序后CDS序列理论翻译成蛋白质数据库; 2. 使用近缘物种的蛋白质数据库; 3. 使用植物/动物/微生物全库进行蛋白质鉴定; 以上三种选择优先度依次递减~ 鹿明生物数据库 ...
STRING: 一个数据库和网络资源,提供已知和预测的蛋白质-蛋白质相互作用。 但是蛋白质组数据库并不是蛋白质数据库,主要是ProteomeXchange联盟,它是一个开放的、公共的数据存储平台,专门用于存储和共享质谱(MS)数据。它由多个蛋白质组学数据存储库组成,包括PRIDE Archive、MassIVE、PeptideAtlas 以及iProX等 。
蛋白质组学研究中选择合适的蛋白质数据库是关键一步,因为它直接影响到质谱数据的解析和鉴定的准确性。一些常用的蛋白质数据库及其适用情形如下: 1.UniProt (Universal Protein Resource): 这是最全面的蛋白质数据库之一,包含了大量物种的蛋白质序列信息。适用于多种物种的蛋白质组研究,特别是那些已经有较完善基因组注...
蛋白质组学数据库系统与分析平台是由山东一点基因科技有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2024SR0284524,属于分类,想要查询更多关于蛋白质组学数据库系统与分析平台著作的著作权信息就到天眼查官网!