现今有多种方法用来直接验证特定的 PPI,最常用是 IP-Westerns,其中在使用针对诱饵蛋白或标签的固定化抗体 pull down 诱饵蛋白后,通过免疫印迹法检测相互作用的蛋白。但这种方法不能排除 PPI 是间接或人为(互作仅发生在体外)的可能性。 为确定 PPI 是否发生在体内,现在有通过与诱饵蛋白的融合的荧光(FRET,荧光共振能...
要理解这一套方法,我们首先要明白蛋白质基序的定义:如下图所示,在蛋白质-蛋白质相互作用的界面上,存在两种局部片段介导的相互作用,其中一种既有高度的结构保守性,也有高度的序列保守性,我们称之为序列PPI基序;而另外一种,虽然有着高度的结构保守性,但是其序列上几乎没有任何保守性,这就使得传统的基于序列比对的方...
HIGH-PPI检查人类相互作用组的蛋白质外部和内部,以建立对PPI的强大机器理解。该模型在预测PPI方面表现出高精度和稳健性。此外,HIGH-PPI可以通过精确识别重要的结合和催化位点来解释PPI的作用模式。总体而言,HIGH-PPI是一个领域知识驱动和蛋白质相互作用预测研究的可解释框架。 介绍 生物功能是通过生物分子之间的相互作用...
David Baker 任科学顾问，发布世界最大蛋白质相互作用数据库！蛋白质-蛋白质相互作用 (Protein-Protein Interactions, PPI) 是细胞生命活动的重要组成部分，在调控和维持细胞的生理功能中（如细胞的信号传导、代谢反应和基因表达）发挥着不可或缺的作用。然而目前 PPl 数据库中的数据相对较少，最新的结合亲和数据集 (...
UniBind是一种用于蛋白质间相互作用(PPI)任务的人工智能模型。氨基酸替换引起的结合自由能变化可能影响蛋白质主链的构象和原子层面的侧链相互作用。UniBind包括了多个层次的蛋白质结构图表,基于几何(序列和结构)和能量信息,还包括了一种双路径神经网络(BindFormer)与几何和能量注意力机制(GEA)。此外,为解决数据异构性问题...
检查通过,并且参数选好后,点击“提交”按钮,约3s后,会在页面上显示带community的彩色PPI相互作用网络图。我们提供了pdf、svg两种矢量图,png、tiff两种标量图供大家下载使用。可以使用acrobat illustrator等软件编辑矢量图,进行组图,调整文字位置,添加说明等操作,以满足个性化需求。
蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)对于生物过程至关重要,预测这些相互作用的位点对于计算和实验应用都很重要。 杜克大学(Duke University)和康奈尔大学(Cornell University)的研究人员提出了一种与结构无关的语言Transformer和肽优先级(Structure-agnostic Language Transformer and Peptide Prioritization,SaLT&PepPr)管线,用于仅根...
他们最近发布的AlphaSeq数据库专注于蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein interaction, PPI），包含了超过7.5亿条测量结果，构成了世界上最大的PPI数据集。在AlphaSeq数据的基础上，训练出的AlphaBind模型可以准确预测有不同结合特性（亲和力、特异性、交叉反应性、表位等）的蛋白质序列，从而辅助蛋白质设计或发现...
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