对于线性RNA,RBPsuite使用iDeepS来预测它们与RBP的结合分数;对于环状RNA(circRNA),RBPsuite使用CRIP预测它们与RBP的结合分数。 话不多说,上链接:http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/RBPsuite/,根据官网地址打开主页面如下。 RBPsuite需要三种类型的输入:RNA类型,预测模型和RNA序列。电子邮件地址是可选的。如果提...
RNA结合蛋白RNA-蛋白质结合位点深度学习RNA及RNA结合蛋白之间的相互作用在基因调控中扮演着重要角色.许多预测RNA-蛋白质结合位点的深度学习方法陆续提出.目前多数研究没有将RNA结合蛋白作为模型输入,限制了深度学习模型的规模.对此问题,提出一个带有RNA结合蛋白输入的深度学习模型,通过扩大训练集的规模挖掘RNA-蛋白质结合...
基于深度学习的RNA-蛋白质结合位点预测的网站--RBPsuite发布于 2022-02-13 15:15 · 1.1 万次播放 赞同4添加评论 分享收藏喜欢 举报 深度学习(Deep Learning)核糖核酸(RNA) 写下你的评论... 暂无评论相关推荐 4:31 手握长剑严阵以待!央视节目《淬火》中,展示福建舰电磁弹射细节 大...
其中,三联NusB-Nus-BoxA RNA复合体(PDB代码为3R2C)是启动进行的转录抗终止作用所需的整个抗终止复合体,对解释关键蛋白质-蛋白质和蛋白质-RNA相互作用具有重要意义。 综上,本实施例公开的蛋白质分子中RNA结合位点的预测方法,能综合考虑了结构特征,序列特征,以及邻居特征,能有效的考虑各种可能对预测结果产生影响的因...
东南大学硕士学位论文蛋白质序列中RNA结合位点的预测姓名:***学位级别:硕士专业:生物医学工程指导教师:**宏20080101摘要论文题目:蛋自质序列中RNA结合位点的预测作者姓名:**导师姓名:**宏**授)学校名称:东南大学随着后基因组时代的到来,使用机器学习方法对生物数据进行数据挖掘已经成为生物学研究的一种新方法。本课题...
分类号密级UDC保密期限博士学位论文题目蛋白质分子中RNA结合位点的分析和预测作者姓名**指导教师李伍举研究员应晓敏副研究员培养单位军事医学科学院基础医学研究所专业名称生物化学与分子生物学论文提交日期2012年5月21日学位授予单位中国人民解放军军事医学科学院答辩委员会主席徐宁志中国人民解放军军事医学科学院制军事医学科...
1.一种基于自注意力机制的RNA-蛋白质结合位点预测方法,其特征在于,包括如下步骤: S1:数据获取与预处理:获取RNA与蛋白质结合位点处及其上下游序列数据,并将RNA序列统一为固定的长度; S2:基于k-mer嵌入编码序列数据:对预处理后数据采用滑动窗口法获取序列的k-mer表示,独热向量化k-mer子序列后通过词嵌入降维独热向...
摘要摘要论文题目: 基于网络的蛋白质R NA 结合位点预测数据库作者姓名: 张一鸣导师姓名: 陆祖宏( 教授)学校名称: 东南大学蛋白质与R NA 的相互作用在很多的生物学过程中起到了非常重要的作用。 例如, RN ^和蛋白质的相互作用不仅在蛋白质的合成, m 1日N A 的加工, 病毒的复制中起到重要作用, 近期还发现...
摘要 本发明公开一种蛋白质分子中RNA结合位点的预测方法及系统,以有效预测RNA和蛋白质结合位点,解决生物实验的成本昂贵和实验周期长等问题。本发明公开的预测方法包括:选取样本集;对RNA蛋白质复合物的特征进行编码;以目标类别与候选特征之间的最大相关,以及候选特征与已经选出特征之间的最小冗余为规则筛选特征,并对筛选...
东南大学学位论文独创性声明本人声明所呈交的学位论文是我个人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。尽我所知,除了文中特别加以标注和致谢的地方外,论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研究成果,也不包含为获得东南大学或其它教育机构的学位或证书而使用过的材料