今天,小编就给大家介绍一种基于深度学习的RNA-蛋白质结合位点预测的网站:RBPsuite,这是一个易于使用的网络服务器,用于预测线性和环形RNA上的RBP结合位点。 RBPsuite首先将输入的RNA序列分割为101个核苷酸的片段,并对片段与RBP之间的相互作用进行评分。RBPsuite进一步检测结合片段上已验证的基序,从而给出沿全长序列的...
RNARNA结合蛋白RNA-蛋白质结合位点深度学习RNA及RNA结合蛋白之间的相互作用在基因调控中扮演着重要角色.许多预测RNA-蛋白质结合位点的深度学习方法陆续提出.目前多数研究没有将RNA结合蛋白作为模型输入,限制了深度学习模型的规模.对此问题,提出一个带有RNA结合蛋白输入的深度学习模型,通过扩大训练集的规模挖掘RNA-蛋白质结合...
分类号 密 级 UDC 保密期限 博士学位论 文博 士学位论文 题 目 蛋白质分子中 RNA 结合位点的分析和预测 作者姓名 查磊 指导教师 李伍举 研究员 应晓敏 副研究员 培养单位 军事医学科学院基础医学研究所 专业名称 生物化学与分子生物学 论文提交日期 2012 年 5 月 21 日 学位授予单位 中国人民解放军军事医学...
与之前的同是在氨基酸残基水平上对蛋白质序列中RNA结合位点进行预测的两个模型相比,我们的模型有更高的准确性和更好的推广性。在新建立的RNA结合位点预测模型的基础上,我们结合计算机网络技术,开发了RISP在线预测系统(http://grc.seu edu.cn/dsp)。用户在预测系统输入界面输入任意一条蛋白质序列,就可以得到蛋白质...
基于网络的蛋白质RNA结合位点预测数据库的开题报告一、研究背景RNA(核酸)是生物体内不可缺少的一种生物大分子,它不仅在蛋白质的合成中扮演重要的角色,而且在细胞核外也具有重要的功能。随着研究的深入,越来越多的证据表明,RNA具有结合蛋白质并调控基因表达的功能。因此,研究RNA与蛋白质的相互作用,探索它们的结合机制和...
分类号密级UDC保密期限博士学位论文题目蛋白质分子中RNA结合位点的分析和预测作者姓名**指导教师李伍举研究员应晓敏副研究员培养单位军事医学科学院基础医学研究所专业名称生物化学与分子生物学论文提交日期2012年5月21日学位授予单位中国人民解放军军事医学科学院答辩委员会主席徐宁志中国人民解放军军事医学科学院制军事医学科...
蛋白质分子中RNA结合位点的分析和预测-生物化学与分子生物学专业论文.docx,目录 中文摘要1 Abstract 5 第一章 前言9 1.1 实验方法9 1.1.1 X 射线晶体衍射 9 1.1.2 核磁共振10 1.1.3 其它结构测定方法10 1.2 生物信息学方法10 1.2.1 研究蛋白质中的 RNA 结合域 11 1.2.2 通过
基于深度学习的RNA-蛋白质结合位点预测的网站--RBPsuite发布于 2022-02-13 15:15 · 1.1 万次播放 赞同4添加评论 分享收藏喜欢 举报 深度学习(Deep Learning)核糖核酸(RNA) 写下你的评论... 还没有评论,发表第一个评论吧相关...
摘要摘要论文题目:基于网络的蛋白质RNA结合位点预测数据库作者姓名:张一鸣导师姓名:陆祖宏(教授)学校名称:东南大学蛋白质与RNA的相互作用在很多的生物学过程中起到了非常重要的作用。例如,RN^和蛋白质的相互作用不仅在蛋白质的合成,m1日NA的加工,病毒
我们基于PDB结构数据,采用距离定义法来确定与RNA相互作用的氨基酸位点.即对于蛋白质与RNA复合物中的某个氨基酸,如果其包含的至少一个原子与某个RNA碱基所包含的任何一个原子之间的距离小于3.5,那么就认为该氨基酸与RNA相互作用.这样,在90735个氨基酸中,有10525个被判定为RNA结合位点,其余的80210个被判定为非结合位点...