蛋白质分子中RNA结合位点的分析和预测-生物化学与分子生物学专业论文.docx,目录 中文摘要1 Abstract 5 第一章 前言9 1.1 实验方法9 1.1.1 X 射线晶体衍射 9 1.1.2 核磁共振10 1.1.3 其它结构测定方法10 1.2 生物信息学方法10 1.2.1 研究蛋白质中的 RNA 结合域 11 1.2.2 通过
通过对TP(正确的肯定数目)、FN(漏报,没有找到正确匹配的数目)、FP(误报,没有的匹配不正确)、TN(正确拒绝的非匹配数目)的统计,对其结合位点整个预测的准确性ACC是0.88,和通过X射线晶体衍射或者核磁共振等方法实验实际测出的RNA结合位点相比较,预测结果非常准确。
一种基于残差图卷积神经网络RNA-蛋白质结合位点判别方法 本发明提供一种新型的蛋白质自相互作用预测方法,涉及机器学习和生物信息学领域.具体的:通过现有的数据库筛选出蛋白质的序列等信息,并进行预处理;使用位置特异性评分矩阵的构建,将蛋白质信息转化为PSSM矩阵(N*20);再利用深度学习的图卷积神经网络算法,提取... ...
在分子水平上充分表征影响蛋白质与RNA的结合特异性的决定因素至关重要.蛋白质和RNA之间的相互作用数据随着测序技术的快速进步而不断增多,这为利用计算方法大规模预测蛋白质和RNA的结合位点提供了可能性.对蛋白质与RNA之间的结合位点的预测分析不仅可以深入理解蛋白质与RNA的作用机制,还可以将预测模型应用到更多的生物...