ChIP 的一般流程是:甲醛固定细胞---收集细胞,将染色质复合物中 DNA 切割---加入目的蛋白的抗体,与靶蛋白-DNA 复合物相互结合---加入Protein A 或 Protein G 微珠,结合抗体-靶蛋白-DNA 复合物并沉淀---对沉淀下来的复合物进行清洗,除去一些非特异性结合---洗脱,得到富集的靶蛋白-DNA 复合物---解交联,纯化...
一、DNA-蛋白质互作——染色质状态和功能研究 在生物学研究中,DNA与蛋白质之间的互作(DNA-Protein Interactions,DPIs)是至关重要的,参与基因的表达、调控、复制、重组和修复以及RNA的转运、翻译和调控等多个过程,几乎涉及所有的生命活动。 DNA结合蛋白是普遍存在的,在高等动植物中平均占蛋白/基因种类的10%(约2000个...
甲基化干扰实验(Methylationinterference assay)是根据DMS(硫酸二甲酯)能够使DNA分子中裸露的鸟嘌呤(G)残基甲基化,而六氢吡啶又会对甲基化的G残基作特异性的化学切割这一原理设计的另一种研究蛋白质同DNA相互作用的实验方法。 应用这种技术可以检测靶DNA中G残基的优先甲基化,对尔后的蛋白质结合作用究竟会有什么效应,...
在这篇文章中,我们将介绍蛋白质与DNA互作的四种方法。 1. DNA结合蛋白 DNA结合蛋白是一类能够与DNA结合的蛋白质,它们通过与DNA的特定序列结合来调控基因表达。这些蛋白质可以通过直接与DNA结合来阻止或促进转录因子的结合,从而影响基因的表达。例如,转录因子可以通过与DNA结合来激活或抑制基因的转录,从而影响细胞的功能...
目前共有三种应用广泛的蛋白-DNA互作研究技术,我们称之为蛋白-DNA互作三驾马车,它们分别是:ChIP、EMSA和双荧光素酶实验。今天我们来聊聊该系列最后一种-双荧光素酶报告基因实验(luciferase Assay)。说双荧光素酶报告基因实验前先来看看荧光素酶报告基因。
根据作用的分子类型(DNA、RNA和蛋白),可以将分子间互作分为以下: ①蛋白质-蛋白质:如免疫沉淀(IP)、免疫共沉淀(CO-IP)、GST pull-down、Far-Western Blotting ②蛋白质-RNA:如RIP、RNA pull down ③蛋白质-DNA:如染色质免疫共沉淀技术(ChIP) ④蛋白质-DNA/RNA:如凝胶迁移或电泳迁移率实验(EMSA) ...
CUT&Tag技术作为新一代DNA-蛋白质互作研究技术,近年来有了飞速的发展。近岸蛋白于2023年8月创新性地推出CUT&Tag®4.0专利技术,在保证组蛋白研究成功率的基础上,专门针对转录因子、辅因子等弱结合位点进行了优化升级,极大地拓展了该技...
核酸酶靶向切割和释放 (CUT&RUN),与染色质免疫沉淀 (ChIP) 检测一样, 是一项用于在细胞天然染色质环境下检测蛋白-DNA 相互作用的强大通用技术。该技术自2020年问世以来,以所需细胞量少、背景低、易操作等多种优势,被广大科研工作者所青睐,也收到了来自终端用...
下面介绍4种常见的蛋白质与DNA互作的方法。 1. DNA结合蛋白质 DNA结合蛋白质是特殊的蛋白质,它们能够通过与DNA的特定序列结合来实现一系列的生物学功能。这种DNA结合蛋白质具有可变的DNA结合域,这些域可以根据它们所处的生物环境而发生变化,从而使它们能够识别和结合具有特定序列的DNA。这种蛋白质与DNA的相互作用可以...
在研究中，CUT&Tag结果通常会与RNA-seq结合，分析目标蛋白结合位点附近的基因表达水平，尤其是启动子或增强子区域的靶基因，探究其对基因表达的调控作用。当目标蛋白为转录因子时，联合motif分析和共表达分析，研究可以进一步丰富转录因子-靶基因调控网络。同时，研究中会通过选择CUT&Tag和RNA-seq结果中的一些代表性位点...