在这篇文章中,我们将介绍蛋白质与DNA互作的四种方法。 1. DNA结合蛋白 DNA结合蛋白是一类能够与DNA结合的蛋白质,它们通过与DNA的特定序列结合来调控基因表达。这些蛋白质可以通过直接与DNA结合来阻止或促进转录因子的结合,从而影响基因的表达。例如,转录因子可以通过与DNA结合来激活或抑制基因的转录,从而影响细胞的功能...
ChIP 的一般流程是:甲醛固定细胞---收集细胞,将染色质复合物中 DNA 切割---加入目的蛋白的抗体,与靶蛋白-DNA 复合物相互结合---加入Protein A 或 Protein G 微珠,结合抗体-靶蛋白-DNA 复合物并沉淀---对沉淀下来的复合物进行清洗,除去一些非特异性结合---洗脱,得到富集的靶蛋白-DNA 复合物---解交联,纯化...
双荧光素酶报告基因实验的应用双荧光素酶报告基因实验目前由两个主要的应用方向,一是检测转录因子与目的基因启动子区DNA相互作用,转录因子是一种具有特殊结构、行使调控基因表达功能的蛋白质分子,也称为反式作用因子。某些转录因子仅与其靶启动子中的特异序列结合,这些特异性的序列被称为顺式作用元件,转录因子的DNA结合...
一、DNA-蛋白质互作——染色质状态和功能研究 在生物学研究中,DNA与蛋白质之间的互作(DNA-Protein Interactions,DPIs)是至关重要的,参与基因的表达、调控、复制、重组和修复以及RNA的转运、翻译和调控等多个过程,几乎涉及所有的生命活动。 DNA结合蛋白是普遍存在的,在高等动植物中平均占蛋白/基因种类的10%(约2000个...
下面介绍4种常见的蛋白质与DNA互作的方法。 1. DNA结合蛋白质 DNA结合蛋白质是特殊的蛋白质,它们能够通过与DNA的特定序列结合来实现一系列的生物学功能。这种DNA结合蛋白质具有可变的DNA结合域,这些域可以根据它们所处的生物环境而发生变化,从而使它们能够识别和结合具有特定序列的DNA。这种蛋白质与DNA的相互作用可以...
ChIP和CUT&Tag都是表观遗传学中的重要研究手段,目的研究蛋白-DNA互作、目标蛋白在染色质上的定位及丰度...
在研究中,CUT&Tag结果通常会与RNA-seq结合,分析目标蛋白结合位点附近的基因表达水平,尤其是启动子或增强子区域的靶基因,探究其对基因表达的调控作用。当目标蛋白为转录因子时,联合motif分析和共表达分析,研究可以进一步丰富转录因子-靶基因调控网络。同时,研究中会通过选择CUT&Tag和RNA-seq结果中的一些代表性位点...
ChIP是研究DNA与蛋白互作的传统经典方法,需要将样本进行甲醛交联后再用超声设备进行片段化处理,之后利用特异性抗体进行靶向富集,将富集得到的DNA进行建库测序分析即得到靶向蛋白质互作的DNA信息。 02 CUT&Tag CUT&Tag是研究DNA与蛋白互作的新型技术,利用转座酶对抗体靶向区域进行切割,将切割得到的DNA序列可以一步扩增得到...
目前共有三种应用广泛的蛋白-DNA互作研究技术,我们称之为蛋白-DNA互作三驾马车,它们分别是:ChIP、EMSA和双荧光素酶实验。今天我们来聊聊该系列最后一种-双荧光素酶报告基因实验(luciferase Assay)。说双荧光素酶报告基因实验前先来看看荧光素酶报告基因。
核酸酶靶向切割和释放 (CUT&RUN),与染色质免疫沉淀 (ChIP) 检测一样, 是一项用于在细胞天然染色质环境下检测蛋白-DNA 相互作用的强大通用技术。该技术自2020年问世以来,以所需细胞量少、背景低、易操作等多种优势,被广大科研工作者所青睐,也收到了来自终端用...