染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),是研究体内蛋白质与DNA相互作用的经典方法。将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术,可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定,为研究的深入开展打下基础。 DNA与蛋白质的相互作用与基因的转录、染色质的空间构型和构象密切相关。运...
(2)DNA结合蛋白鉴定:酵母单杂交可用于鉴定与特定DNA序列相互作用的蛋白质。通过构建诱饵包含DNA结合序列,与猎物中的蛋白质相互作用,可以筛选和验证与该DNA序列特异性结合的蛋白质。 (3)蛋白质相互作用网络:通过酵母单杂交技术可以筛选和鉴定DNA与蛋白质间的相互作用关系,从而构建蛋白质相互作用网络。这有助于了解细胞...
ChIP 的一般流程是:甲醛固定细胞---收集细胞,将染色质复合物中 DNA 切割---加入目的蛋白的抗体,与靶蛋白-DNA 复合物相互结合---加入Protein A 或 Protein G 微珠,结合抗体-靶蛋白-DNA 复合物并沉淀---对沉淀下来的复合物进行清洗,除去一些非特异性结合---洗脱,得到富集的靶蛋白-DNA 复合物---解交联,纯化...
目前共有三种应用广泛的蛋白-DNA互作研究技术，我们称之为蛋白-DNA互作三驾马车，它们分别是：ChIP、EMSA和双荧光素酶实验。今天来聊聊该系列最后一种-双荧光素酶报告基因实验（luciferase Assay）。说双荧光素酶报告基因实验前先来看看荧光素酶报告基因。啥是荧光素酶报告基因？荧光素酶报告基因是指以荧光素(luciferi...
一、DNA-蛋白质互作——染色质状态和功能研究 在生物学研究中,DNA与蛋白质之间的互作(DNA-Protein Interactions,DPIs)是至关重要的,参与基因的表达、调控、复制、重组和修复以及RNA的转运、翻译和调控等多个过程,几乎涉及所有的生命活动。 DNA结合蛋白是普遍存在的,在高等动植物中平均占蛋白/基因种类的10%(约2000个...
下面介绍4种常见的蛋白质与DNA互作的方法。 1. DNA结合蛋白质 DNA结合蛋白质是特殊的蛋白质,它们能够通过与DNA的特定序列结合来实现一系列的生物学功能。这种DNA结合蛋白质具有可变的DNA结合域,这些域可以根据它们所处的生物环境而发生变化,从而使它们能够识别和结合具有特定序列的DNA。这种蛋白质与DNA的相互作用可以...
免疫共沉淀（IP）法 该方法是利用特异性抗体来免疫沉淀靶蛋白质及其结合的DNA序列，进而筛选并鉴定与之结合的蛋白质。这种方法可以在复杂的细胞环境中鉴定目标蛋白质的结合伙伴，并可用于整个基因组水平的大规模筛选和定量互作。筛选法 筛选法也是一种常用的生化方法，它主要是利用抗体对目标蛋白质进行筛选并识别...
在研究中，CUT&Tag结果通常会与RNA-seq结合，分析目标蛋白结合位点附近的基因表达水平，尤其是启动子或增强子区域的靶基因，探究其对基因表达的调控作用。当目标蛋白为转录因子时，联合motif分析和共表达分析，研究可以进一步丰富转录因子-靶基因调控网络。同时，研究中会通过选择CUT&Tag和RNA-seq结果中的一些代表性位点...
1.共沉淀实验:共沉淀实验是一种常用的方法,用于研究蛋白与DNA之间的相互作用。通过共沉淀实验,可以验证蛋白和DNA是否能够相互结合形成复合物。实验过程中,首先将目标蛋白和DNA混合,然后加入沉淀剂使复合物沉淀下来,最后通过离心将复合物与其他物质分离,最终通过Western blot或PCR等方法检测复合物的形成。 2. EMSA实验:...
在研究蛋白质DNA互作时，ChIP（Chromatin Immunoprecipitation）和CUT&Tag（Cleavage Under Target and Tagmentation）都是重要的技术手段。两者各有优缺点，适用于不同的研究场景，以下是对这两种技术的详细比较：ChIP技术 1.原理：ChIP技术的主要目的是研究目的蛋白（包括修饰组蛋白、转录因子、辅因子及其他染色质蛋白）在...