2018-10-09自学miRNA-seq分析---生信菜鸟团学习笔记 酷睿_1991关注赞赏支持2018-10-09自学miRNA-seq分析---生信菜鸟团学习笔记 酷睿_1991关注IP属地: 北京 0.2382018.10.09 09:49:34字数17阅读1,259 自学miRNA-seq分析 | 搜索结果 | 生信菜鸟团 ©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者 1人点赞 随笔...
这一讲是miRNA-seq数据分析的分水岭,前面的5讲说的是读文献下载数据比对然后计算表达量,属于常规的流程分析,一般在公司测序之后都可以拿到分析结果,或者文献也会给出下载结果。但是单纯的分析一个样本意义不大,一般来说,我们做研究都是针对于不同状态下的miRNA表达量差异分析,然后做注释,功能分析,网络分析,这才是重...
拿到比对后的sam/bam文件之后,这只能算是level2的数据,一般我们给他人share我们的结果也是直接给表达矩阵的, miRNA分析跟mRNA分析类似,但是它的表达矩阵更好获取一点。如果是mRNA,我们一般会跟基因组来比较,而基因组就那24条参考染色体,想知道具体比对到了哪个基因,需要根据基因组注释文件来写程序提取表达量信息,现在...
这里值得一提的是miRBase数据库下载的序列,居然都是用U表示的,也就是说就是miRNA序列,而不是转录成该miRNA的基因序列,而我们测序的都是基因序列。 通过这个代码制作的 hairpin.human.fa 和 mature.human.fa 就是本次数据分析的参考基因组。 搜集资料的过程中,我看到了一篇文献讲挖掘1000genomes的数据找到位于miRNA...
自学miRNA-seq分析第三讲~公共测序数据下载 前面已经讲到了该文章的数据已经上传到NCBI的SRA数据中心,所以直接根据索引号下载,然后用SRAtoolkit转出我们想要的fastq测序数据即可。下载的数据一般要进行质量控制,可视化展现一下质量如何,然后根据大题测序质量进行简单过滤。所以需要提前安装一些软件来完成这些任务,包括: sra...
自学miRNA-seq分析第一讲~文献选择与解读 前些天逛bioStar论坛的时候看到了一个问题,是关于miRNA分析,提问者从NCBI的SRA数据下载文献提供的原始数据,然后处理的时候有些不懂,我看到他列出的数据是iron torrent测序仪的,而且我以前还没玩过miRNA-seq的数据分析, 就抽空自学了一下。因为我有RNA-seq的基础,所以理解...
后面我就不讲了,主要看你得到miRNA的时候其它生物学数据是否充分,如果是癌症病人,有生存相关数据,可以做生存分析,如果你同时测了甲基化数据,可以做甲基化相关分析~~~ 如果只是单纯的miRNA测序数据,可以回过头去研究一下de novo的miRNA预测的步骤,也是研究重点...
这一讲其实算不上是自学miRNA-seq分析,本质就是affymetrix的mRNA表达芯片数据分析,而且还是最常用的那种GPL570 HG-U133_Plus_2,但是因为是跟miRNA样本配对检测的,而且后面会利用到这两个数据分析结果来做共表达网络分析等等,所以就贴出对该芯片数据的分析结果。文章里面也提到了 Messenger RNA expression analysis iden...