该教程分为2部分,第1部分在:miRNA-seq小RNA高通量测序pipeline:从raw reads,鉴定已知miRNA-预测新miRNA,到表达矩阵【一】 到此时,原始的单端小RNA测序已经完成了质量过滤和接头修剪、rfam+ensembl非编码小RNA的序列过滤工作。 5.与参考基因组外显子和内含子的比对 由于提取得到的短片段RNA中可能含有一些mRNA的降解片...
由于小RNA文库中会存在一定比例的rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA和mRNA降解片段等其他类型的短RNA,而且有的研究需要发现新的miRNA,而有的只需要基于已发现的miRNA,所以目前各家的处理流程(包括软件、reads过滤流程、参考基因组类型)也是差异很大。也有一些课题组在做一体化的miRNA-seq数据处理分析平台的开发。我看过一些work...