这个RenameIdents函数只需要你想修改成为的单细胞亚群名字,跟之前的名字一一对应,就可以完成全部的修改啦。修改前后很容易对比: 修改前后对比 再说说拆分 前面的已知的"Naive CD4 T" "Memory CD4 T"合并为CD4,然后我们就可以提取CD4子集进行细分,然后映射回去,对单核细胞也是如此。 cd4_sce = sce[,Idents(sce)==...
首先查看标记基因 其实缺一个高质量非冗余单细胞亚群标记基因数据库,假如我们的生物学认知不够,就不需要把T细胞分成 "Naive CD4 T" , "Memory CD4 T" , "CD8 T", "NK" 这些亚群,可以合并为T细胞这个大的亚群: # 参考;https://mp.weixin.qq.com/s/9d4X3U38VuDvKmshF2OjHA genes_to_check = c('...
细胞融合指的是两个或两个以上的细胞合并成一个细胞的现象,在自然情况下,受精过程及某些病变 组织中的多核细胞均属于融合现象。1961年Barski在研究中观察到组织培养体细胞融合现象。1962 年Okada首先成功地用仙台病毒诱导了细胞融合,此后引起了不少学者研究细胞融合地兴趣。30多年 ...
左边query数据集的一个锚点细胞能在reference数据集邻近区域找到多个配对锚点细胞,可以得到更高的锚点可靠性评分;右边一个锚点细胞只能在reference数据集邻近区域找到一个配对锚点细胞,锚点可靠性评分则较低。 4、经过层层过滤剩下的锚点细胞对,可以认为它们是相同类型和状态的细胞,它们之间的基因表达差异是技术偏倚引起的。
之前的文章中为大家介绍了Seurat这款单细胞分析软件(实用干货|Seurat-单细胞转录组测序分析R包教学),但实际的科研项目中不可能只有一个样本,多样本的单细胞数据如何合并在一起,下面就为大家介绍一下运用Seurat包的整合功能做单细胞数据的合并分析。 该方法的目的是识别不同数据集中存在的共享细胞状态,即使它们是从不...
采血不顺畅,留置针型过小,采血时间过长,静脉采血处消毒剂未干即开始采血均可导致溶血,此类标本目测血清可以发现,对于目测无溶血现象标本,假性高血钾可见血小板和白细胞增多患者,例如本案例报道的高血小板和高白细胞导致的假性高血钾,特别是合并偏低的血糖,需快速鉴别真假高血钾,不仅与护士沟通核实采血情况,关于检验...
NK/T细胞淋巴瘤是一种罕见的高度侵袭性非霍奇金淋巴瘤,其发病率具有地域性、种族性差异,主要集中于亚洲和南美洲[1]。NK/T细胞淋巴瘤与EB病毒感染密切相关,好发部位以上呼吸消化道、鼻腔为主,少部分见于皮肤、睾丸、胃肠道等[2]。免疫组织化学分析,常伴有CD56+/细胞CD3+淋巴细胞恶性增殖[3]。
所以考虑该患者合并有巨幼细胞性贫血,巨幼细胞性贫血的患者呈现是大细胞性贫血,地中海贫血属于小细胞低色素性贫血,若患者同时患有巨幼细胞性贫血和地中海贫血,则 MCV 和 MCH 可表现为正常。 案例分析 巨幼细胞性贫血:叶酸和维生素 B12 都是 DNA 合成过程中重要的参与...
锚点整合操作速度很慢,且常常会过度整合,因此在实际操作中,跨物种整合的时候或不同的数据类型如ATAC、蛋白组的数据和单细胞的数据整合的时候,可以使用锚点整合。单纯单细胞数据的整合,可以使用Harmony。 1.1 读入数据,拆分样本 rm(list=ls()) library(future) #Seurat并行计算的一个包,不加载这个包不能进行并行计...
移植后长期合并症的出现直接影响到长期生存者的生活质量及非复发死亡率。因此,对移植后长期生存者进行终身随访,筛查和管理移植后长期并发症是极为必要的。 在这种背景下,2023 年 9 月中华医学会血液学分会干细胞应用学组推出了《造血干细胞移植后长期合并...