合并多个单细胞数据集的质控教程(适用于第一步像10X,h5每个样本都生成了meta.data情况),代做各领域生信分析和辅导邢博士谈科教 立即播放 打开App,流畅又高清100+个相关视频 更多 744 1 07:06 App go和kegg分析思路 1193 0 00:15 App 看了这篇国自然标书,我知道为什么我没中了!最后给大家整理了600份国...
大家在下载多个数据集的单细胞转录组数据的基因表达矩阵的时候,要注意不同数据集间的矩阵的基因名,有可能同一个基因,名字不一样。例如,CXCL8,又可以叫IL8。如果合并的时候,仅用基因名求交,就会把这个基因给漏掉。 现作者写写程序解决这个问题,作者先下载了GCF_000001405.40_GRCh38.p14_genomic.gtf.gz,搜索IL8,也...
这两个数据集分别是人和鼠的SMC异质性探索的,文献标题是:《Single-Cell Genomics Reveals a Novel Cell State During Smooth Muscle Cell Phenotypic Switching and Potential Therapeutic Targets for Atherosclerosis in Mouse and Human》,可以看到GSE155513和GSE155512这两个单细胞转录组表达量矩阵是可以很好的整合: ...
合并两个不同物种的单细胞转录组数据集注意harmony的参数 学员在交流群反馈在处理一个2020的文章里面的GSE155513和GSE155512这两个单细胞转录组数据集遇到了两个物种数据集整合失败问题。 这两个数据集分别是人和鼠的SMC异质性探索的,文献标题是:《Single-Cell Genomics Reveals a Novel Cell State During Smooth Mus...