Sachidanadam教授表示,“真核细胞有两个基因组——核DNA(nDNA)和线粒体DNA(mtDNA),虽然线粒体的活性取决于上千个蛋白质,这些蛋白主要由核DNA编码,但由线粒体DNA编码的蛋白(大约13个以上)也扮演了关键的角色。” 线粒体DNA测序不是一件小事,因为每个线粒体携带了多个线粒体基因组(5-10个),且每个细胞拥有...
本次会议中提及的NGS的新突破点包括毒性、RNA-Seq文库及可变剪接图谱中的多余转录组的去除以及线粒体DNA测序。如今NGS在线粒体DNA测序领域取得了一定的进展,线粒体在疾病发展中的作用逐渐被认识,然而这些细胞器中的DNA测序十分复杂,因为线粒体具有相当大的遗传复杂性和异质性。NGS的另一个突破点为肿瘤异质...
利用RNA-seq结果计算每个样本中线粒体Count比率 做过scRNA-seq的都知道,Seurat包中有一个PercentageFeatureSet函数可以计算每个细胞中比对到线粒体的UMI/read Count比率。如果把组织当作一个细胞来看待,能不能计算线粒体的read Count在整个测序样本中的比率呢? 1. 导入Count基因表达矩阵 matrix <-read.csv(myfiles[...
RNA-Seq是一种用于研究线粒体遗传学的有前途的,具有成本效益的技术,但它确实存在缺陷。如图所示,其潜力之一是它可用于产生近乎完整的线粒体基因组序列,这在缺乏可用的mtDNA数据的情况下特别有用。
RNA-Seq和线粒体测序介绍(6)如今NGS已能够快速经济地阅读数亿个reads,所及之处远超越基因组学(如RNA测序使转录组学发生革命性变化)。尽管NGS取得了诸多进步,但依然存在一些重大的挑战。日前,牛津大学举办的“NGS七周年大会”聚
单细胞测序样本制备仪,基于Drop-seq技术*,完成高通量的单细胞mRNA 3’端测序。 已经对数千个线粒体基因组进行了测序,但可用的线粒体转录组相对较少。这可能很快就会改变。高通量RNA测序(RNA-Seq)技术使得生成大量线粒体转录组数据变得快速而廉价。在这里,我们探索RNA-Seq用于组装线粒体基因组和研究它们的表达模式...
v通过RNA测序(RNA-seq)和逆转录定量聚合酶链式反应(RT-qPCR)分析证实,SIFI限制了TIMM8A(控制线粒体蛋白输入的元件)缺失或细胞暴露于线粒体应激源后的ISR信号,这些发现表明,SIFI专门作用于关闭压力反应信号。 v在这些发现的基础上,研究团队认为未导入的线粒体前体转移了来自cDELE1和HRI的SIFI,以维持应激条件下激酶...
近年来研究发现,巨噬细胞从静息状态转变为M1型的核心事件是糖代谢重编,即从氧化磷酸化代谢转变为有氧糖酵解代谢,此过程中消耗的氧主要用于合成ROS,后者又可通过激活NF-κB等因子促进巨噬细胞炎症反应。糖代谢的重编与线粒体的功能密切相关,然而,LPS激活的巨噬细胞中线粒体产生ROS的机制尚不清楚。
有一部分细胞核也编码线粒体相关基因。虽然现存生物体中绝大多数作用于线粒体的蛋白质，是由细胞核DNA...
最好是在实验端处理，后期数据分析作用有限！