每个剪接变异体的编目带来的挑战是令人畏惧的,但RNA-Seq技术可深入分析细胞和组织的转录组,提供一种可详细描述可变剪接的技术手段。但RNA-Seq仍然很难准确拼凑长异构体所产生的小片段。 Florea教授报告称,她和她的同事们决定开发适用于RNA-Seq数据的计算机系统,“我们决定开发其他程序无法达到的算法来确定二次...
目前对线粒体tRNA修饰在癌症中的作用知之甚少。本研究中，作者首先使用化学辅助的亚硫酸测序（fCAB-seq）【9】在单细胞分辨率上同时检测f5C和m5C，发现线粒体中仅有两种tRNA（tRNAMet和tRNASer2）持续显示高水平的修饰。mt-tRNAMet的修饰出现在34位，而mt-tRNASer2不含f5C，但在V区含有三个连续m5C位点。因此，...
利用RNA-seq结果计算每个样本中线粒体Count比率 做过scRNA-seq的都知道,Seurat包中有一个PercentageFeatureSet函数可以计算每个细胞中比对到线粒体的UMI/read Count比率。如果把组织当作一个细胞来看待,能不能计算线粒体的read Count在整个测序样本中的比率呢? 1. 导入Count基因表达矩阵 matrix <-read.csv(myfiles[...
RNA-Seq是一种用于研究线粒体遗传学的有前途的,具有成本效益的技术,但它确实存在缺陷。如图所示,其潜力之一是它可用于产生近乎完整的线粒体基因组序列,这在缺乏可用的mtDNA数据的情况下特别有用。
单细胞测序样本制备仪,基于Drop-seq技术*,完成高通量的单细胞mRNA 3’端测序。 已经对数千个线粒体基因组进行了测序,但可用的线粒体转录组相对较少。这可能很快就会改变。高通量RNA测序(RNA-Seq)技术使得生成大量线粒体转录组数据变得快速而廉价。在这里,我们探索RNA-Seq用于组装线粒体基因组和研究它们的表达模式...
植物核基因组中包含大量的线粒体起始序列,借助拟南芥circRNA-seq数据,使用MeCi鉴定到了6263个ncircRNA,其中1577个被唯一映射到核基因组(unique_ncircRNAs),其他4686个与mcircRNAs重叠((overlapping_circRNAs),为了确定overlapping_circRNAs的来源,研究者随机选取了200个支持overlapping_circRNAs的连接reads,比对结果显示有112个...
作者接着联合RNA-seq与fCAB-seq,定量测定f5C和m5C修饰,发现在各种测试细胞系中,线粒体tRNAMet最普遍的修饰为m5C(超过50%),其次f5C(约35%),未修饰胞嘧啶的含量不足10%。当使用短发卡RNA(shRNA)抑制NSUN3从而抑制两种修饰时,测序结果显示C34位上未修饰胞嘧啶出现的几率增加8倍。在NSUN3敲除细胞株中,mt-...
v通过RNA测序(RNA-seq)和逆转录定量聚合酶链式反应(RT-qPCR)分析证实,SIFI限制了TIMM8A(控制线粒体蛋白输入的元件)缺失或细胞暴露于线粒体应激源后的ISR信号,这些发现表明,SIFI专门作用于关闭压力反应信号。 v在这些发现的基础上,研究团队认为未导入的线粒体前体转移了来自cDELE1和HRI的SIFI,以维持应激条件下激酶...
作者接着联合RNA-seq与fCAB-seq,定量测定f5C和m5C修饰,发现在各种测试细胞系中,线粒体tRNAMet最普遍的修饰为m5C(超过50%),其次f5C(约35%),未修饰胞嘧啶的含量不足10%。当使用短发卡RNA(shRNA)抑制NSUN3从而抑制两种修饰时,测序结果显示C3...
RNAseq不是一线诊断工具,它可以作为DNA诊断后的补充应用于临床罕见病诊断,支持对VUS变异的解释,对DNA忽视的变异进行重新排序,辅助解析影响基因表达水平和剪接的功能相关的DNA变异。多组学研究是未来遗传病的方向,在诊断、发病 机制、标记物鉴定以及治疗方面提供了依据。更多详细课程信息请扫描文末二维码回看视频直播(回...