1, 如果一个SNP在个体中2%都是缺失的,那么就删掉该SNP,参数为:--mind 0.02 2,如果一个个体,有2%的SNP都是缺失的,那么就删掉该个体,参数为:--geno 0.02 4. 1 对个体缺失率进行筛选 「先过滤个体缺失率高于2%的SNP」 plink --bfile HapMap_3_r3_1 --geno 0.02 --make-bed --out HapMap_3_r3_2 ...
结果生成两个文件,分别是一个个体ID上SNP缺失的信息,另一个是每个SNP在个体ID中缺失的信息。 个体缺失位点的统计在plink.imiss中 单个SNP缺失的个体数在plink.lmiss.中 「个体缺失位点统计预览:」第一列为家系ID,第二列为个体ID,第三列是否表型缺失,第四列缺失的SNP个数,第五列总SNP个数,第六列缺失率。 「...
1, 如果一个SNP在个体中2%都是缺失的,那么就删掉该SNP,参数为:--geno 0.02 2,如果一个个体,有2%的SNP都是缺失的,那么就删掉该个体,参数为:--mind 0.02 4. 1 对SNP缺失率进行筛选--geno 「先过滤SNP缺失率高于2%的SNP」 plink --bfile HapMap_3_r3_1 --geno 0.02 --make-bed --out HapMap_3_r...
1, 如果一个SNP在个体中2%都是缺失的,那么就删掉该SNP,参数为:--geno 0.02 2,如果一个个体,有2%的SNP都是缺失的,那么就删掉该个体,参数为:--mind 0.02 4. 1 对个体缺失率进行筛选 先过滤个体缺失率高于2%的SNP plink --bfile HapMap_3_r3_1 --geno 0.02 --make-bed --out HapMap_3_r3_2 1. ...
邓飞:笔记 | GWAS 操作流程2-1:缺失质控 质控要做的7件事情: 1 检查个体的SNP数据、以及某个SNP数据在群体的缺失情况(对缺失数据进行筛选) 在筛选之前,先了解下为什么要对缺失数据进行筛选 无论是测序还是芯片,得到的基因型数据要进行质控,而对缺失数据进行筛选,可以去掉低质量的数据。如果一个个体,共有50万SNP...
1. 检查性别冲突 代码语言:javascript 复制 plink--bfile HapMap_3_r3_5--check-sex 结果文件:plink.sexcheck第一列为家系ID,第二列为个体ID,第三列为系谱中的性别,第四列为SNP推断的性别,第五列是否正常,第六列为F值。 「使用R语言作图:」
unzip 1_QC_GWAS.zip unzip 2_Population_stratification.zip unzip 3_Association_GWAS.zip 4. 文件介绍 4.1 质控 主要是根据一些筛选标准,去掉一些位点。筛选标准有缺失百分比,哈温等等。 「文件夹:」1_QC_GWAS 主要文件: 1_Main_script_QC_GWAS.txt ...
代码语言:javascript 复制 HapMap_3_r3_8.bed HapMap_3_r3_8.bim HapMap_3_r3_8.fam HapMap_3_r3_8.log 后面我们用这个文件,进行后续的质控。 相关系列: 笔记GWAS操作流程1:下载数据 笔记GWAS操作流程2-1:缺失质控 笔记GWAS操作流程2-2:性别质控...
笔记GWAS 操作流程2-3:最小等位基因频率,上一次我们经过去掉缺失,去掉错误的性别信息,得到的文件为:HapMap_3_r3_6.bedHapMap_3_r3_6.famHapMap_3_r3_6.logHapMap_3_r3_6.bimHapMap_3_r3_6.hh这里,我们根据最小等位基因频率(MAF)去筛选。1.去掉性染色体上的位点思路
哈温的P值直方图: 过滤掉SNP位点的P值: 过滤后的结果文件 HapMap_3_r3_9.bed HapMap_3_r3_9.bim HapMap_3_r3_9.fam HapMap_3_r3_9.log GWAS相关: 笔记| GWAS 操作流程1:下载数据 笔记| GWAS 操作流程2-1:缺失质控 笔记| GWAS 操作流程2-2:性别质控 笔记| GWAS 操作流程2-3:MAF过滤©...