1, 如果一个SNP在个体中2%都是缺失的,那么就删掉该SNP,参数为:--mind 0.02 2,如果一个个体,有2%的SNP都是缺失的,那么就删掉该个体,参数为:--geno 0.02 4. 1 对个体缺失率进行筛选 「先过滤个体缺失率高于2%的SNP」 代码语言:javascript 复制 plink--bfile HapMap_3_r3_1--geno0.02--make-bed--out ...
GWAS分析时,拿到基因型数据,拿到表型数据,要首先做以下几点: 1,查看自己的表型数据,是否有问题 2,查看自己的基因型数据,是否有问题 然后再进行建模,得到显著性SNP以及可视化结果。 清洗数据的时间占80%的时间,有句话这样讲:“Garbage in, Garbage out(垃圾进,垃圾出)”,所以清洗数据非常重要,今天学习一下基因组...
1, 如果一个SNP在个体中2%都是缺失的,那么就删掉该SNP,参数为:--geno 0.02 2,如果一个个体,有2%的SNP都是缺失的,那么就删掉该个体,参数为:--mind 0.02 4. 1 对个体缺失率进行筛选 先过滤个体缺失率高于2%的SNP plink --bfile HapMap_3_r3_1 --geno 0.02 --make-bed --out HapMap_3_r3_2 1. ...
1, 如果一个SNP在个体中2%都是缺失的,那么就删掉该SNP,参数为:--mind 0.02 2,如果一个个体,有2%的SNP都是缺失的,那么就删掉该个体,参数为:--geno 0.02 4. 1 对个体缺失率进行筛选 「先过滤个体缺失率高于2%的SNP」 plink --bfile HapMap_3_r3_1 --geno 0.02 --make-bed --out HapMap_3_r3_2 ...
GWAS分析时,拿到基因型数据,拿到表型数据,要首先做以下几点: 1,查看自己的表型数据,是否有问题 2,查看自己的基因型数据,是否有问题 然后再进行建模,得到显著性SNP以及可视化结果。 清洗数据的时间占80%的时间,有句话这样讲:“Garbage in, Garbage out(垃圾进,垃圾出)”,所以清洗数据非常重要,今天学习一下基因组...