笔记| GWAS 操作流程5-2:利用GEMMA软件进行LMM+PCA+协变量 笔记| GWAS 操作流程5-2:利用GEMMA软件进行LMM+PCA+协变量 这里,我们用正常的GWAS分析,考虑所有的协变量(数值协变量+因子协变量)+ PCA协变量,然后用混合线性模型进行分析。 1. 协变量文件 「c.txt文件」 代码语言:javascript 复制 1100-0.01694450.007...
第五列,第六列,第七列为PCA的结果 2. 表型数据 「注意,这里表型数据也可以放在fam文件第六列,用 -n 1表示。放在第七列, 用 -n 2表示。两者结果是完全一样的,说明文档截图:」 「p.txt文件」 -3.190926 +24.290128 -19.403765 -0.815962 -19.073081 -21.106496 +15.020220 -15.985445 +5.849143 +39.513181 3...
笔记GWAS 操作流程5-2:利用GEMMA软件进行LMM+PCA+协变量 这里,我们用正常的GWAS分析,考虑所有的协变量(数值协变量+因子协变量)+ PCA协变量,然后用混合线性模型进行分析。 1. 协变量文件 c.txt文件 1 1 0 0 -0.0169445 0.00772371 -0.0297288 1 2 0 0 -0.0119765 0.0141166 -0.0354039 1 1 0 0 -0.0165762 ...
先对数据进行清洗,去掉引号,然后提取家系和个体ID sed 's/"//g' fail-het-qc.txt |awk '{print $2}' > het_fail_ind.txt sed 's/"//g' fail-het-qc.txt |awk '{print $1,$2}' > het_fail_ind.txt 使用remove去掉这两个个体 plink --bfile HapMap_3_r3_9 --remove het_fail_ind.txt...
笔记| GWAS 操作流程1:下载数据 笔记| GWAS 操作流程2-1:缺失质控 笔记| GWAS 操作流程2-2:性别质控 笔记GWAS 操作流程2-3:MAF过滤 笔记| GWAS 操作流程2-4:哈温平衡检验 PS吐槽: 微信编辑器中的文章引用功能有bug,上面的超链接有乱码&;|,这都是什么鬼,我不想手动删除了,let it be!
笔记GWAS 操作流程2-5:杂合率检验,一般自然群体,基因型个体的杂合度过高或者过低,都不正常,我们需要根据杂合度进行过滤。偏差可能表明样品受到污染,近亲繁殖。我们建议删除样品杂合率平均值中偏离±3SD的个体。我的理解:但是非自然群体,比如自交系,杂交种F1,这些
1、GWAS 流程 image.png 数据质控 • 1)按分型百分比条件过滤,多数文章剔除缺失率在20%以上的位点,样本量较大的群体中,可以将缺失率小于50%的位点都保留; • 2)按等位基因频率过滤,通常去除第二等位基因频率小于5%的位点,样本量较大的群体中,可以降低到1%; ...
一下着重讲解一下这个流程的操作细节: 主要是四方面的分析: All essential GWAS QC steps along with scripts for data visualization. Dealing with population stratification, using 1000 genomes as a reference. Association analyses of GWAS data. Polygenic risk score (PRS) analyses. ...
笔记| GWAS 操作流程2-5:杂合率检验 一般自然群体,基因型个体的杂合度过高或者过低,都不正常,我们需要根据杂合度进行过滤。偏差可能表明样品受到污染,近亲繁殖。我们建议删除样品杂合率平均值中偏离±3 SD的个体。 ❝我的理解:非自然群体中,比如自交系,杂交种F1,这些群体不需要过滤杂合度。 ❞...
1.6万 44 18:17 App GWAS操作流程2-1 缺失筛选 3993 1 8:33 App 如何安装GWAS软件包:GAPIT 5521 2 23:20 App 根据多年多点数据使用R语言计算遗传力和育种值 2310 -- 15:43 App df03-GWAS分析数据和软件介绍 3171 5 14:03 App 笔记GWAS3 使用回归分析进行GWAS分析演示 1290 -- 16:48 App df...