因此,作者首先借助单细胞转录组(scRNA-seq)研究了受精后4-8周胚胎早期肺近端和远端上皮细胞的基因表达模式,构建了169,686个细胞的转录图谱。接着通过空间转录组研究了胚胎早期肺近端和远端的生态位,最后通过两组学的结合扩大了人类早期胚胎肺发育的生物学认知,加深了人类肺发育中上皮近端-远端模式的理解,为再生医...
10X空间转录组不同平台比较: Visium HD与Stereo-seq平台比较: 从冰冻、石蜡包埋样本制备到个性化分析服务,基迪奥生物拥有丰富的空间转录组项目经验,涉及的物种经验达70+种、100+种组织项目经验,产出的空间项目文章平均影响因子28.23+,欢迎有空间组学测序意向的老师扫描下方二维码填写信息,基迪奥为您定制个性化的项目执行方案。
此外,作者将Perturb-map和空间转录组学配对,以对CRISPR编辑的肿瘤进行无偏分析,发现在Tgfbr2敲除肿瘤中,肿瘤微环境(TME)转化为纤维黏液状态,T细胞被排除,伴随TGFb和TGFb介导的成纤维细胞激活上调,表明癌细胞上TGFb受体的丢失增加了TGFb的生物利用度及其对TME的免疫抑制作用。这些研究建立了单细胞分辨率的组织内功能基因组...
研究人员对代表早期、中期和晚期阶段的12DAP、18DAP(两个生物重复)和24DAP的阶段进行了空间转录组学研究。后续将其命名为S12D、S18D_1、S18D_2、S24D。 2. 空间转录组揭示了灌浆阶段的异质性和功能分区 在进行空间转录组测序之前,研究人员对从12、18和24 DAP中取样的籽粒进行包埋、固定、切片和HE染色。结果...
4.单细胞数据分析是跟着最新的CNS文章的源代码进行讲解。 01 空间转录组课程内容 第一节:Python入门(安装、环境配置、开发工具学习;基本语法、数据类型等) 第二节:Python控制流与函数(条件语句、循环语句、函数定义、参数、返回值) 第三节:数据结构进阶与文件操作(...
2020年《Nature Methods》杂志将空间转录组学评选为Method of the year,时至今日,空间转录组的应用已然如浪潮一般,滚滚而来。 2022年5月4日,Cell杂志及其子刊Development Cell以专题形式发表了4篇基于Stereo-seq技术的空间转录组文章,专题名称为时空组学联盟:SpatioTemporal Omics Consortium (STOC),而Stereo-seq技术正...
综上所述,该研究对来自小鼠和人类多阶段食管鳞状细胞癌样本进行了空间转录组和功能分析,通过研究时空基因表达模式和细胞间相互作用,研究人员证明了异常的上皮细胞通过 EFNB1-EPHB4 触发下游 SRC/ERK/AKT 信号传导的 EMT 和细胞周期。异常的上皮细胞相互作用始于早期癌前病变的基底层,并扩展到整个上皮层,随着癌症的...
案例1:空间转录组学和scRNA-seq揭示胰腺导管腺癌的组织结构 通过空间转录组学和scRNA-seq联合检测,研究者在原发性胰腺肿瘤中确定了四个导管细胞亚群:(1)表达APOL1和缺氧相关基因的导管细胞亚群;(2)表达TFF1、TFF2和TFF3的终端导管亚群;...
本文将从空间转录组的背景、技术原理、应用前景等方面进行介绍。 一、背景 随着基因组学研究的不断深入,人们发现传统的基因组研究往往只关注基因的存在与否,而忽略了基因的具体功能和调控机制。而空间转录组的出现填补了这一空白,使得研究者能够更加全面地了解基因的功能和调控。 二、技术原理 空间转录组的研究方法...
“空间转录组”(ST)是一项能够保留组织空间位置并同时解析组织切片转录组信息的技术。空间转录组描述了组织学切片特定区域内的细胞簇、细胞间的相互作用、转录信号和表型,并以此作为临床影像的参考和对应。空间转录组学被认为是将分子信息与临床图像相结合的一个重要组成部分。它提供了在单个细胞分辨率下理解细胞异质性的...