因此,作者首先借助单细胞转录组(scRNA-seq)研究了受精后4-8周胚胎早期肺近端和远端上皮细胞的基因表达模式,构建了169,686个细胞的转录图谱。接着通过空间转录组研究了胚胎早期肺近端和远端的生态位,最后通过两组学的结合扩大了人类早期胚胎肺发育的生物学认知,加深了人类肺发育中上皮近端-远端模式的理解,为再生医...
10X空间转录组不同平台比较: Visium HD与Stereo-seq平台比较: 从冰冻、石蜡包埋样本制备到个性化分析服务,基迪奥生物拥有丰富的空间转录组项目经验,涉及的物种经验达70+种、100+种组织项目经验,产出的空间项目文章平均影响因子28.23+,欢迎有空间组学测序意向的老师扫描下方二维码填写信息,基迪奥为您定制个性化的项目执行方案。
空间转录组能够定位和区分功能基因在特定组织区域内的活跃表达,在癌症发病机制、神经科学、发育生物学等众多领域的研究都有重要意义。2024年已经有几十篇CNS文章通过空间转录组来阐释科学问题,如2024 年 3 月 13 日,加州大学Neil C. Chi研究组在Nature发文,对发育中...
此外,作者将Perturb-map和空间转录组学配对,以对CRISPR编辑的肿瘤进行无偏分析,发现在Tgfbr2敲除肿瘤中,肿瘤微环境(TME)转化为纤维黏液状态,T细胞被排除,伴随TGFb和TGFb介导的成纤维细胞激活上调,表明癌细胞上TGFb受体的丢失增加了TGFb的生物利用度及其对TME的免疫抑制作用。这些研究建立了单细胞分辨率的组织内功能基因组...
该研究利用10x Genomics空间转录组技术分析了非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer, NSCLC)肿瘤微环境中免疫细胞的浸润模式和空间结构。发现了NSCLC存在免疫激活和免疫排斥两种主要的浸润模式,以及CD14+APOE+细胞和MMP7+肿瘤细胞共定位对免疫治疗反应的影响。贝瑞基因为该研究提供了空间转录组建库测序服务。
通过整合scRNA-seq和空间转录组学(ST)的结果,我们发现在IC患者膀胱中,几乎所有的免疫亚群都富集在尿路上皮区域或靠近成纤维细胞的位置,但在对照膀胱中,它们是在尿路上皮和平滑肌细胞周围被发现的。这些发现描绘了IC的免疫图谱,或许能...
2020年《Nature Methods》杂志将空间转录组学评选为Method of the year,时至今日,空间转录组的应用已然如浪潮一般,滚滚而来。 2022年5月4日,Cell杂志及其子刊Development Cell以专题形式发表了4篇基于Stereo-seq技术的空间转录组文章,专题名称为时空组学联盟:SpatioTemporal Omics Consortium (STOC),而Stereo-seq技术正...
近年来,空间技术可谓是科研界的新宠,而10x Genomcs的空间转录组技术也是走在科研的前列。通过空间组学技术,可以弥补单细胞测序没有空间位置信息的缺憾,在组织原位检测细胞的基因表达及相互作用,深入探索组织微环境的变化与生长发育以及病变的关系。就在最近,国内首篇植物10x Visium空间转录组文章也已经上线了!复旦大学戚...
这在肝细胞癌、肺鳞状细胞癌、结直肠癌和胰癌中都有验证。本研究针对ccRCC原发性肿瘤,作者做了12个冷冻切片空间转录组和12个FFPE切片空间转录组并结合BCR分析、多色免疫荧光等分析,发现肿瘤中的三级淋巴结构产生成熟B细胞,血浆细胞扩散到肿瘤基部中,产生抗体与肿瘤细胞结合并引发其凋亡。
按照这个文章的思路,我们可以总结几点利用空间转录组做肿瘤异质性需要考虑的地方: 1. 选择感兴趣的癌症样本的活检样本,可以考虑要做同一个病人的原位癌和转移癌的异质性,也可以考虑做不同病人间的原位癌或者转移癌的异质性,当然,同时做也是可以的。每个样本可以考虑做2个重复,避免出现实验层面的影响,目前10x Genomics...