1. NCBI的Gene数据库:提供了关于基因的全面信息,包括基因定位、基因产物、参考文献等。 2. UniProt数据库:一个全面的、高质量的蛋白质序列和功能信息的数据库。 3. Ensembl数据库:提供了基因组浏览、注释和变异信息。 4. KEGG数据库:主要用于基因功能、基因组信息、生物通路等研究。 5. Reactome数据库:详细描述...
生信分析数据库主要分为以下几种类型: 1. 基因组数据库:如GenBank、NCBI、Ensembl等,主要收录基因序列、基因注释、基因组组装等信息。 2. 蛋白质数据库:如UniProt、RefSeq、PDB等,主要收录蛋白质序列、结构、功能等信息。 3. 表达数据库:如GEO、ArrayExpress、TCGA等,主要收录基因表达谱、转录组测序数据、蛋白质表...
CRISPR数据库如CRISPR-Cas9资源中心、sgRNAcas9等,致力于收集、整理和分享全球范围内的CRISPR实验设计、效果评估等信息,为基因编辑研究提供了实用的参考。 8. 综合性生信平台 为了更好地整合各种生物信息资源,综合性生信平台应运而生。例如,生物云平台(BioCloud)、Galaxy等平台通过集成工具、数据和分析流程,为研究人员提...
JASPAR数据库,可预测转录因子结合位点,网址为:https://jaspar.genereg.net Cistrome DB数据库,可展示转录因子的相关调控,网址为:http://cistrome.org/db/ HOCOMOCO数据库,人与小鼠专用数据库,网址为:https://hocomoco11.autosome.ru/ hTFtarget数据库,人类TF-target数据库,网址为: http://bioinfo.life.hust.edu...
这些促成转录起始的转录结构主要包括亚基、聚合酶复合物和特异顺序三个重要组成部分。转录因子通过与顺式因子的互作来实现其功能。顺式因子可以与转录因子的DNA结合域实现共价结合，从而对基因的表达起到抑制或增强的作用。关于转录因子数据库，这里我列举了一些自己常用的数据库供大家参考。同时，我也欢迎各位...
3.EMT相关的生信思路有哪些? (1)EMT相关signature: (2)EMT相关风险评分、预后模型: (3)EMT与其他热点关联: 比如分析EMT相关选择性剪切 分析缺氧、免疫和EMT相关基因: 分析EMT相关lncRNA: 4.EMT相关的数据库 做EMT相关的生信分析,首先要获得EMT相关的基因集合,方法之一就是通过EMT相关的数据库。
生信分析数据库是生物信息学研究中不可或缺的资源,涵盖了从基因组数据到蛋白质信息的广泛领域。以下是一些在生信分析中常用的数据库: 1. NCBI数据库:美国国家生物技术信息中心(NCBI)提供了包括GenBank、PubMed、BLAST等多种数据库和工具。GenBank是一个核酸序列数据库,PubMed则是一个生物医学文献数据库,而BLAST是...
生信分析数据库 生物信息学分析数据库是存储和组织生物信息数据的集合。这些数据库对于生物医学研究至关重要,因为它们提供了对大量生物数据的访问,这些数据可以用于各种分析,包括基因表达谱分析、蛋白质相互作用网络和基因组变异研究。 基因组数据库 GenBank: 由美国国立生物技术信息中心 (NCBI) 维护的 DNA 序列数据库...
原创小果生信果 各位小伙伴大家好,小果和大家又见面了,今天呢小果来给大家分享几个常用的转录因子数据库。小果下面的内容从以下方面展开:一是什么是转录因子,二是常用转录因子数据库。 一、什么是转录因子,它的作用是什么? 转录因子全称为transcription factor,简称TF,是一群能与基因5`端上游特定序列专一性结合,从而...