H + num:数据库里收录的疾病的ID C+num:化合物名,通常就是代谢物 E -.-.-.-(酶名):很多基因本身就是一种酶,所以他们除了有Kxxxx的编号,还有对应一个酶编号 举例: kegg通路富集图绘制 1、如果你还不会R的画,可以看这一篇文章:如何快速做出高质量KEGG通路图? 2、如果用R画图:使用enrichKEGG 画柱形图(...
1、NCBI Assembly 目前最常用的综合性基因组数据库,没有之一(毕竟 NCBI ~) 网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/ 2、CNGB 中国国家基因库生命大数据平台 网址:https://db.cngb.org/ 3、GigaDB 网址:http://gigadb.org/ 二、动物基因组数据库 1、Ensembl 系列 Ensembl:http://asia.ensembl.org/in...
许多疾病都与环境因子和基因的相互作用有关,CTD实验室的研究人员整合了来自各种生物的关键数据(例如基因序列、化合物和比较参考),这就是CTD数据库的前身。 CTD(The Comparative Toxicogenomics Database)提供了有关化学暴露(环境和药物),基因和蛋白质,表型和疾病之间复杂相互作用的信息。这些数据与功能和途径数据集成在...
点击Database下CVDSP进入功能页面,该子数据库提供心血管疾病相关中草药及其所含化合物成份药理学信息,包含已知的254种心血管药物的206种治疗靶基因,以及98种心血管疾病及268种心血管疾病基因,有助于心血管疾病相关药物机制研究和药物研发。 3、PreDC 点击Database下PreDC进入功能页面,即Predict Drug Combination,提供预...
许多疾病都与环境因子和基因的相互作用有关,CTD实验室的研究人员整合了来自各种生物的关键数据(例如基因序列、化合物和比较参考),这就是CTD数据库的前身。 CTD(The Comparative Toxicogenomics Database)提供了有关化学暴露(环境和药物),基因和蛋白质,表型和疾病之间复杂相互作用的信息。这些数据与功能和途径数据集成在...
❝分享100+数据库——涉及 1)基因序列、表达、调控; 2)蛋白质结构、功能、家族、互作和通路; 3)代谢物; 4)专业数据库——动植物、微生物、细菌、病毒;和 5)疾病特异性数据库。 序列数据库 核酸序列数据库 Nucleotide@NCBI – 来自多个来源的序列数据库,包括 GenBank、RefSeq、TPA 和 PDB。
GDSC(Genomics of Drug Sensitivity in Cancer)数据库由英国桑格研究院开发,收集肿瘤细胞对药物的敏感度和反应。是目前肿瘤细胞药物敏感性的最大公共资源,收录1000多种癌细胞系中的621个抗癌化合物的作用广泛,涉及24种通路。2023年10月更新到了8.5 version。
GDSC(Genomics of Drug Sensitivity in Cancer)数据库由英国桑格研究院开发,收集肿瘤细胞对药物的敏感度和反应。是目前肿瘤细胞药物敏感性的最大公共资源,收录1000多种癌细胞系中的621个抗癌化合物的作用广泛,涉及24种通路。2023年10月更新到了8.5 version。
NGDC 是国家基因组科学数据中心,是国内领先的生物大数据云计算平台。笔者在这列举 NGDC 里的几个数据库,推荐一波: 1)RGD Disease:包含人在肿瘤、血液病、心血管、糖尿病、神经系统、免疫等疾病相关的各个分支信息。搜素病种,可以获得与疾病相关的基因信息,以及基因的注释(如,疾病、作用的化合物、miRNA 等等)。
1)基因序列、表达、调控; 2)蛋白质结构、功能、家族、互作和通路; 3)代谢物; 4)专业数据库——动植物、微生物、细菌、病毒;和 5)疾病特异性数据库。 序列数据库 核酸序列数据库 Nucleotide@NCBI – 来自多个来源的序列数据库,包括 GenBank、RefSeq、TPA 和 PDB。