其中包括(1)预分析(质量控制(QC)和比对),(2)核心分析(peak calling),(3)peak,motif,核小体和TF footprint水平的高级分析,以及(4) 与多组学数据整合以重建调控网络。这些步骤将使研究人员能够对ATAC-seq数据进行鲁棒的分析,并产生更具生物学意义的结果。最后,我们将介绍ATAC-seq分析和scATAC-seq的挑战和机遇。
差异peak代表着比较组合染色质开放性有差异的位点,ChIP-seq和ATAC-seq都可以用DiffBind进行差异分析。DiffBind通过可以通过bam文件和peak的bed文件计算出peak区域标准化的readcount,可以选择edgeR、DESeq2等模型进行差异分析。 七、峰注释 在科研分析中我们往往需要将peak区域与基因联系起来,也就是通过对peak进行注释找到pe...
1]));png(file=output);hist(a,main="Insertion Size distribution",ylab="Read Count",xlab="Insert Size",xaxt="n",breaks=seq(0,max(a),by=10));axis(side=1,at=seq(0,max(a),by=100),labels=seq(0,max(a),by=100));dev.off()...