测序深度:测序得到的碱基总量(bp)与基因组大小(GenomE.的比值,它是评价测序量的指标之一。测序深度与基因组覆盖度之间是一个正相关的关系,测序带来的错误率或假阳性结果会随着测序深度的提升而下降。重测序的个体,如果采用的是双末端或Mate-Pair方案,当测序深度在10~15X以上时,基因组覆盖度和测序错误率控制均得以保...
例如测序产生了10000条读段(reads),每条reads的长度为150bp,所测物种的基因组大小为1000000bp (1M),那么测序深度为10000 * 150 / 1000000=1.5X。 2. 测序覆盖度(Sequencing Coverage) 指测序数据匹配到参考基因组上后,能够覆盖基因组的区域比率。因为基因组有些区域重复序列较复杂或测序难以捕获到,这些区域可能就...
测序深度:测序得到的碱基总量(bp)与基因组大小(GenomE.的比值,它是评价测序量的指标之一。测序深度与基因组覆盖度之间是一个正相关的关系,测序带来的错误率或假阳性结果会随着测序深度的提升而下降。重测序的个体,如果采用的是双末端或Mate-Pair方案,当测序深度在10~15X以上时,基因组覆盖度和测序错误率控制均得以保...
如下图,在某1个样本测序的项目中,基因组平均测序深度为60X。基因组大部分区域的测序深度在60X左右,但同时依然有一小部分区域的测序深度低于3X(极低覆盖或没有覆盖)。 两者关系? 测序深度与基因组覆盖度之间是一个正相关的关系,而测序带来的错误率或变异检测(例如,SNP)假阳性结果会随着测序深度的提升而下降。在...
测序深度和覆盖度的概念 深度(depth): 总测序reads数 / 目标区域长度 覆盖度(coverage): 至少有一个碱基覆盖的位置数量 / 目标区域长度
测序覆盖度：测序获得的序列占整个基因组的比例，例如一个细菌基因组测序，覆盖度是98%，那么还有2%的序列区域是没有通过测序获得的。Gap:由于基因组中复杂结构（高GC，重复序列）的存在，使得测序最终拼接组装获得的序列往往无法覆盖所有的区域，这部分区域就是Gap。精品课件 基本概念 4 覆盖度的冗余也叫深度或覆盖...
测序深度(Sequencing Depth):测序得到的碱基总量(bp)与基因组大小(Genome)的比值,它是评价测序量的指标之一.测序深度与基因组覆盖度之间是一个正相关的关系,测序带来的错误率或假阳性结果会随着测序深度的提升而下降.重测序的个体,如果采用的是双末端或Mate-Pair方案,当测序深度在10~15X以上时,基因组覆盖度和测序错...
每一碱基的覆盖率是基因组碱基被测序的平均次数。 基因组的覆盖深度是通过与基因组匹配的所有短读的碱基数目除以该基因组的长度来计算的。 它通常表示为1X、2X、3X、...(1、2或3倍覆盖)。 此处通常被称为测序深度(sequencing depth)或者覆盖深度(depth of coverage)。
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测序深度(depths) 测序深度(depths)指测序得到的总碱基数与待测基因组大小的比值,简单的说就是测序的数据量大小比上参考基因组/转录组的大小,通常结果用n×来表示。 测序覆盖度(coverage) 测序覆盖度是测序所组装的结果占整个基因组的比例,实际上,由于我们测序的结果通常不能组装出完整的结果,因为在基因组上有很多...