1.[使用整理-1] bamdst:统计覆盖度和测序深度2024-11-06 收起 BAMDST Bamdst是一个轻量级工具,用于统计bam文件中目标区域的测序深度、覆盖度。 必须使用排序后的bam文件,bed文件和输出目录必须优先指定。 1.下载安装 git clone https://github.com/shiquan/bamdst.git cd bamdst/ make 或者使用conda: conda...
基因组质量评估:(五)mapping法:7. 用软件mosdepth统计BAM文件的深度 - 知乎 (zhihu.com) 但针对于群体分析,批量计算所有个体的深度和覆盖度,这些软件则显得命令繁琐,本文通过python脚本一步到位多进程同时计算深度和覆盖度,省心省力。 一、生成depth.gz文件 这一步需要排序好、去除pcr重复的bam文件,通过samtools生成...
chrM64916030.260.05.665.66#目标区域文件每一个区域的统计,其中Coverage以X>0来统计 $lessuncover.bed chrM6721603#--uncover的值默认是5,从前面depth_distribution.plot文件中也能看出来,深度小于5的碱基数就是931; #包含低覆盖或者是未覆盖的,通过"--uncover"规定“未覆盖”的阈值。
当然平均测序深度,我在这里选择的是整个染色体的长度作为分母,对于那些覆盖度很差的染色体,平均测序深度就被被拉低。所以我起初猜想是不是问题出在我用的是samtools的mpileup命令,而不是depth命令!(因为我以前从来没有如此细致的去比较它们的差别,其实这这个命令的确有差别,但是对全基因组层面的统计指标几乎没什么影响)...
测序深度和覆盖度的示意图如下: 那么我们就来自己动手统计一下比对好的sam/bam文件的测序深度和覆盖度吧! 这个统计主要依赖于samtools的depth功能,或者说mpileup功能,输入文件都是sort好bam格式的比对文件。事实上,你如果读samtools的源代码就会发现,其实depth功能调用的就是mpileup的函数。但是mpileup可以设置一系列的过滤...
测序深度和覆盖度的示意图如下: 那么我们就来自己动手统计一下比对好的sam/bam文件的测序深度和覆盖度吧! 这个统计主要依赖于samtools的depth功能,或者说mpileup功能,输入文件都是sort好bam格式的比对文件。事实上,你如果读samtools的源代码就会发现,其实depth功能调用的就是mpileup的函数。但是mpileup可以设置一系列的过滤...
chrM64916030.260.05.665.66#目标区域文件每一个区域的统计,其中Coverage以X>0来统计 $lessuncover.bed chrM6721603#--uncover的值默认是5,从前面depth_distribution.plot文件中也能看出来,深度小于5的碱基数就是931; #包含低覆盖或者是未覆盖的,通过"--uncover"规定“未覆盖”的阈值。
测序深度和覆盖度的示意图如下: 那么我们就来自己动手统计一下比对好的sam/bam文件的测序深度和覆盖度吧! 这个统计主要依赖于samtools的depth功能,或者说mpileup功能,输入文件都是sort好bam格式的比对文件。事实上,你如果读samtools的源代码就会发现,其实depth功能调用的就是mpileup的函数。但是mpileup可以设置一系列的过滤...