测序深度:测序得到的碱基总量(bp)与基因组大小(GenomE.的比值,它是评价测序量的指标之一。测序深度与基因组覆盖度之间是一个正相关的关系,测序带来的错误率或假阳性结果会随着测序深度的提升而下降。重测序的个体,如果采用的是双末端或Mate-Pair方案,当测序深度在10~15X以上时,基因组覆盖度和测序错误率控制均得以保...
TPM的计算方法与RPKM类似,同样的对不同的基因长度和测序深度样本进行标准化;即对于原始测序数据,先标准化基因长度,然后再标准化测序深度。 计算TPM 时,首先要统计每个基因转录本的数量,然后将其除以所有基因转录本数量之和,得到该基因转录本的比例,再乘以一百万。
测序深度:测序得到的碱基总量(bp)与基因组大小(GenomE.的比值,它是评价测序量的指标之一。测序深度与基因组覆盖度之间是一个正相关的关系,测序带来的错误率或假阳性结果会随着测序深度的提升而下降。重测序的个体,如果采用的是双末端或Mate-Pair方案,当测序深度在10~15X以上时,基因组覆盖度和测序错误率控制均得以保...
如图所示,两个概念在两个“维度”,描述了测序的情况(横向:覆盖度Coverage;纵向:深度Depth) 图片来源:https://www.youtube.com/watch?v=3oNCSRyHWO8 二者一定程度上决定了特定碱基位置发现的变异是否具有某种水平的可信度,如果有较高的深度和覆盖度,每个碱基被较多的Reads覆盖,因此碱基也有着较高的可信度。 对...
测序覆盖度：测序获得的序列占整个基因组的比例，例如一个细菌基因组测序，覆盖度是98%，那么还有2%的序列区域是没有通过测序获得的。Gap:由于基因组中复杂结构（高GC，重复序列）的存在，使得测序最终拼接组装获得的序列往往无法覆盖所有的区域，这部分区域就是Gap。整理ppt 基本概念 4 覆盖度的冗余也叫深度或覆盖...
测序深度和覆盖度的概念 深度(depth): 总测序reads数 / 目标区域长度 覆盖度(coverage): 至少有一个碱基覆盖的位置数量 / 目标区域长度
测序深度(depths) 测序深度(depths)指测序得到的总碱基数与待测基因组大小的比值,简单的说就是测序的数据量大小比上参考基因组/转录组的大小,通常结果用n×来表示。 测序覆盖度(coverage) 测序覆盖度是测序所组装的结果占整个基因组的比例,实际上,由于我们测序的结果通常不能组装出完整的结果,因为在基因组上有很多...
所谓覆盖度,也可以理解成“有多少基因组区域被覆盖”,一般是一个百分比。比如我们的bam文件在chr1的覆盖度为70%,就表示只有30%的chr1范围内,一条reads也没有。 纵向——测序深度(depth) 测序深度是统计落在基因组区域中的总碱基数量,然后除以这个区域的长度。结果一般是1X、5X、10X这样表示。
参考答案: 测序深度:测序得到的碱基总量(bp)与基因组大小(GenomE.的比值,它是评价测序量的指标之一。测序深度与基因组覆盖度... 点击查看完整答案广告位招租 联系QQ:5245112(WX同号) 您可能感兴趣的试卷你可能感兴趣的试题 1.问答题什么是Contig N50? 参考答案:Reads拼接后会获得一些不同长度的Contigs。将所有的...
深度(Depth):一般用1× 、2×、3×……表示。测序的得到的总碱基数与待测基因组大小的比值,即基因组中每个碱基被测到的平均次数,简而言之,测序的数据量比上参考基因组或者转录组的值。 覆盖度(Coverage):测序获得的序列占整个基因组的比例。即基因组上至少被检测到一次的区域,占整个基因组的比例。一般是个「...