图2 单细胞短读长测序数据质控 对于批量RNA测序,PCA分析显示三种细胞类型在PC1轴上分离,PC1的变异率为53.73%(图3d)。与单细胞数据相似,ST-HSC位于LT-HSC和MPP之间,与它们的生物学状态相对应。综上所述,这些结果表明细胞被正确分选,批量和单细胞短读长RNA-seq数据的质量都很高。 图3 批量细胞的短读长测序数据...
文章还在大鼠和人类scRNA-seq数据集中进行补充验证。为了比较PAH诱导的跨物种内皮细胞影响,对大鼠PAH和对照组和人类数据进行了四个血管EC亚群(动脉,静脉,毛细血管A和毛细血管B)的差异表达分析。总体而言,51%的上调小鼠基因(14%的小鼠下调基因)在大鼠或人类中也存在差异表达,并确定三个(Cd74,Sparc,Slc6a6)和五个(...
请注意,两个数据集中的细胞类型比例应该相似:例如,如果Meis在 snRNA-seq 中是一种罕见的细胞类型,那么即使在空间数据中,它也应该是一种罕见的细胞类型。 ad_sc.obs.subclass_label.value_counts() 5 准备映射 Tangram 学习单细胞数据的空间对齐,以便对齐的单细胞数据的基因表达与空间数据的基因表达尽可能相似。
近期有研究通过比较不同T2DM小鼠模型,探索T2DM诱发糖尿病心肌病机制,结果显示铁死亡在这其中起到重要作用。本文RNA-seq数据中,对比发现在心脏中db/db小鼠的促进铁死亡的基因HMOX1、MAP2LCB、ACSL1、TRF、CP、NCOA4、SLC39A8和ALOX15随着周龄逐渐上调,而抑制铁死亡的基因SLC7A11逐渐下调,同时4-羟基壬烯醛(4-Hydroxyn...
(5)测序及数据分析 作者使用一种遗传策略(CAG-Sun1/ sfGFP mice (B6; 129- Gt(ROSA) 26Sortm5 (CAG-Sun1/ sfGFP) Nat/J)来永久标记成年小鼠脊髓中的胆碱能神经元细胞核,并选择性地(GFP+/DRAQ5+)富集它们用于单核RNA测序(snRNA-seq)。这种方法极大程度的降低了背景信号,使我们能够系统地且精准的研究胆碱...
近年来随着转录组学测序(RNA-seq)技术的兴起,信使RNA(mRNA)和长链非编码RNA(lncRNA)在VTE发病机制中的重要作用逐渐被揭示。本研究旨在VTE小鼠模型中检测并鉴定差异表达的mRNA和lncRNA,构建VTE疾病的mRNA-miRNA-lncRNA网络,为进一步研究VTE分子机制提供新视角。
为了验证上述差异表达基因并确定其变化在多大程度上是下丘脑特异性的,作者将该数据集与一个公开的分析雌性小鼠海马的snRNA-seq数据集进行了比较。星形胶质细胞、少突胶质细胞和小胶质细胞在下丘脑和海马数据集之间显示高度一致性,而下丘脑神经元与海马神经元的基因表达...
数据集方面, 作者首先获取并预处理了来自不同实验室的scRNA-seq数据,包括13个小鼠和6个人类的早期胚胎发育scRNA-seq数据集,采用nf-core pipeline进行原始数据下载和定量,使用STARsolo进行基因表达量定量,分别基于GRCm38和GRCh38参考基因组。 对于小鼠和人类数据集,他们采用了不同的预处理策略:小鼠数据集过滤掉了核糖体...
Single-Cell RNA-Seq of Mouse Olfactory Bulb Reveals Cellular Heterogeneity and Activity-Dependent Molecular Census of Adult-Born Neurons题目:小鼠嗅球的单细胞rna-seq揭示了细胞的异质性和成体神经元活性依赖的分子普查作者及单位:Burak Tepe, Matthew C. Hill, Brandon T. Pekarek, Patrick J. Hunt, Thomas...
通过RNA-Seq分析,我们得到了哮喘小鼠气管平滑肌组织的转录组数据。与正常对照组相比,我们发现哮喘组中多个基因表达水平发生了显著变化,涉及炎症反应、细胞增殖、细胞凋亡等多个生物过程。进一步的功能富集分析表明,这些差异表达基因主要参与免疫应答、信号转导等过程。 3.讨论 本部分通过对哮喘小鼠气管平滑肌组织的转录组分...