图2 单细胞短读长测序数据质控 对于批量RNA测序,PCA分析显示三种细胞类型在PC1轴上分离,PC1的变异率为53.73%(图3d)。与单细胞数据相似,ST-HSC位于LT-HSC和MPP之间,与它们的生物学状态相对应。综上所述,这些结果表明细胞被正确分选,批量和单细胞短读长RNA-seq数据的质量都很高。 图3 批量细胞的短读长测序数据...
基于小鼠15个组织RNA-seq数据的全基因组重注释 一、研究背景 近年来,RNA-seq技术在分子生物学中得到广泛应用。通过RNA-seq技术可以快速获得高通量的转录组数据,对基因功能以及转录调节进行研究,有助于深入了解生物的基本生理和病理过程。在进行RNA-seq实验时,进行正确的注释是基础,它能够影响到结果的准确性和可靠性。
请注意,两个数据集中的细胞类型比例应该相似:例如,如果Meis在 snRNA-seq 中是一种罕见的细胞类型,那么即使在空间数据中,它也应该是一种罕见的细胞类型。 ad_sc.obs.subclass_label.value_counts() 5 准备映射 Tangram 学习单细胞数据的空间对齐,以便对齐的单细胞数据的基因表达与空间数据的基因表达尽可能相似。
结果:小鼠特殊造模进行单细胞数据分析,并对不同内皮细胞进行细分得到相应的七个主要肺内皮亚型(动脉,静脉,毛细血管A,毛细血管B,淋巴管,增殖和“Sftp”) 。基于SCrna-seq和BulkRNA-seq两种分析得出抗原加工和呈递该通路中在肺高压造模小鼠的血管相关亚群细胞的特异性。后续确定毛细内皮B亚群对于细胞凋亡、迁移和血管生...
本文RNA-seq数据中,对比发现在心脏中db/db小鼠的促进铁死亡的基因HMOX1、MAP2LCB、ACSL1、TRF、CP、NCOA4、SLC39A8 和 ALOX15 随着周龄逐渐上调,而抑制铁死亡的基因 SLC7A11 逐渐下调,同时4-羟基壬烯醛(4-Hydroxynonenal,4-HNE)、丙二醛(malondialdehyde,MDA)、心脏铁元素和非血红素铁(铁萎缩指标),进一步证实了...
(5)测序及数据分析 作者使用一种遗传策略(CAG-Sun1/ sfGFP mice (B6; 129- Gt(ROSA) 26Sortm5 (CAG-Sun1/ sfGFP) Nat/J)来永久标记成年小鼠脊髓中的胆碱能神经元细胞核,并选择性地(GFP+/DRAQ5+)富集它们用于单核RNA测序(snRNA-seq)。这种方法极大程度的降低了背景信号,使我们能够系统地且精准的研究胆碱...
为了验证上述差异表达基因并确定其变化在多大程度上是下丘脑特异性的,作者将该数据集与一个公开的分析雌性小鼠海马的snRNA-seq数据集进行了比较。星形胶质细胞、少突胶质细胞和小胶质细胞在下丘脑和海马数据集之间显示高度一致性,而下丘脑神经元与海马神经元的基因表达...
本文通过系统分析在线的RNA-seq数据首次实现了组织特异性circRNA的系统分析,对于circRNA的研究意义重大。但由于本文所使用的资源主要为已上传的RNA-seq数据,样本量还相对比较有限,今后可通过全世界的科学家不断共享相关数据来增加本数据库的信息量和准确性。
作者利用scRNA-seq数据,将每个小鼠所有细胞的表达量求和模拟出一份bulk RNA数据,通过相关性分析观察到真实bulk RNA数据和模拟数据之间存在很好的一致性,从而排除了单细胞解离过程可能带来的干扰影响(图3b)。此外,作者还观察到三组数据集在年龄变化上的强烈相关性(图3c)。
单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据分析中的质量控制(QC)是一个至关重要的步骤,旨在去除低质量的细胞,避免数据解读中的误差。其中,线粒体比例(mtDNA%)是QC中的重要指标,用于筛选出低质量的细胞。早期的研究为此设定了5%的mtDNA%阈值,这一阈值随后成为多个scRNA-seq分析软件的默认标准,并在众多研究中被广泛采用。然而,...