系统发育树已经初步构成,但是直观可见存在个别序列影响树的结构与美观。这里我们做的是删除NR103934.2与NR043421基因序列(即在对齐裁剪序列之后和生成.meg文件之前删除这两个基因序列,只需要选中需要删除的序列,右击鼠标选delete就可以,后续分析步骤相同),重新计算与构建系统进化树。 重建的系统进化树“Original Tree”结果...
基因进化树的构建和美化(中) 【多序列比对与MEGA构建进化树】 6.9万 178 11:38 App NCBI下载序列,mega构建分子进化树 1616 1 11:56 App NEGA11构建系统进化树(全套流程) 1.6万 1 03:30 App 【科研】使用MEGA X进行多序列比对,构建系统进化树。 1.3万 0 01:11 App mega软件 比例尺 标尺 scale设置 3652...
构建进化树 (1)点击Phylogeny按钮,一般常见的树有两种:Maximum Likehood Tree和Neighbor-Joining Tree,这里我们选择后者举例。导入比对好的序列会出现下图左边的两个图标。敲黑板下一步一定要设置的参数,选择Bootstrap,并设置为1000; (2)运行,这个过程需要等待; (3)大功告成,点击下面红框里面的按钮可以进行调整。
bootstrap consensus tree 图中每个节点代表这个分支的可靠程度,数值越大越可靠,如果过低则需要优化进化树。 除此之外,还可以通过界面的菜单栏和左侧的工具栏,对生成的系统发育树进行美化。 例如,我这里选择把系统发育树从长条状变成圆形,同时也可以编辑分支的粗细和字体等等。 最后,我们可以点击image把图片输出为png格...
用MEGA构建进化树有以下步骤：1、测序：将克隆扩增测序得到的16S rDNA序列进行测序。2、NCBI上做Blast 找到相似度最高的几个序列，确定一下你分离的细菌大约属于哪个科哪个属，如果相似度达到百分之百那基本可以确定你分离得到的就是Blast到的那个，然后寻找相似性最高的细菌，通常把该属的序列（Fasta格式...
1.打开MEGA4软件 2.在界面中选择Alignment->Alignment Explorer/CLUSTAL 3.在弹出的窗口中选择create a new alignment 4.弹出的窗口中点击no用于蛋白质的分析 输入序列什么的就不说了 5.采用菜单栏Alignment中的Align by ClastalW 6.利用默认参数进行多序列比对 7.点击Data菜单栏中的Exit AlnExplorer 8...
用MEGA构建进化树有以下步骤: 1、测序: 将克隆扩增测序得到的16S rDNA序列进行测序。 2、NCBI上做Blast /blast/Blast.cgi 找到相似度最高的几个序列,确定一下你分离的细菌大约属于哪个科哪个属,如果相似度达到百分之百那基本可以确定你分离得到的就是Blast到的那个,然后寻找相似性最高的细菌,通常把该属的序列(...
然后,构建进化树两步走 (1)序列比对 常见算法:Muscle、ClustalW ①打开MEGA软件,这里以7.0版为例,依次按照箭头方向进行选择 ②序列比对 经以上步骤后弹出新的对话框:M7:AlignmentExplorer 若没有显示我们的目标fasta文件,请注意修改这里的文件后缀名称 ③打开后的species.fasta文件 ...
如何用MEGA和Clustalx构建进化树 {"code":"InvalidRange","message":"Therequestedrangecannotbesatisfied.","requestId":"b5a6bafa-c448-4363-8842-c2551a88122a"}
本作品内容为如何用MEGA和Clustalx构建进化树资料重点,格式为ppt,大小3.1M,页数为39, 请使用Microsoft Office相关软件打开,作品中主体文字及图片可替换修改,文字修改可直接点击文本框进行编辑,图片更改可选中图片后单击鼠标右键选择更换图片,也可根据自身需求增加和删除作品中的内容文本。 你可能感兴趣的 个人求职简历 ...