随着测序技术的发展,单一组学的分析往往不能很好地解释生物学问题,此时多组学的联合分析应运而生。在疾病研究领域,可能涉及到组学数据有,基因组,外显子组,转录组,表观组,蛋白组或代谢组等。通过不同组学的数据相互补充,相互关联,缩小研究基因的范围,找到更有可能的hub基因。常规的单组学分析已经很成熟,但是很多老师...
先前开发了用于空间组学测序的组织中确定性条形编码,以便进行空间解析的转录组和蛋白质组测量,最近这种方法也被应用到了10X Visium平台上。为了进一步研究基因表达调控背后的表观遗传机制,开发了一种同时分析染色质可及性和mRNA表达的空间解析全基因组测序技术(Spatial ATAC-RNA测序),或者通过确定性条形编码技术,在相同的...
使用Bowtie2 v2.2.6将Reads映射到H37Rv参考基因组以生成BAM文件,用HTSeq v0.6.0的FPKM软件分析基因表达值。采用DESeq v1.22.1检测差异表达基因(DEGs),多重假设校正(BH, fd Benjamini/Hochberg)P值<0.05的基因被认为是DEG,并进行功能富集(Gene Ontology, GO)分析和KEGG通路富集分析。 六、RT-q-PCR验证 根据...
此外,对28例原发肿瘤组织进行了转录组测序(RNA-seq),对2例患者(包括2例原发肿瘤、4例局部淋巴结肿瘤和5例远处转移肿瘤)的11个样本进行了单细胞转录组测序,以在细胞分辨率水平上探索鼻咽癌转移的进化途径(图1b)。 基于全外显子组/全基因组测序数据,利用MutSigCV分别鉴定原发、局部淋巴结和远处转移性肿瘤中的显...
3、基因组:一方面提供该菌株的基因组组装和注释信息,作为转录组分析的参考基因组;一方面也可与已知基因组的类似菌株联合进行比较基因组分析; 4、转录组:通过检测处理组(菌株+目标有机物培养基)和对照组(菌株+空白培养基)的差异基因,并对其做进一步的生信分析,如聚类分析和富集分析,最终明确和完善该菌株的生物降解途...
本研究选择了乳酸乳球菌通过在连续搅拌槽反应器(CSTR)中进行适应性实验室进化(ALE),得到异丁醇耐受菌株。通过扫描电镜和膜电位分析突变菌株与野生型在形态和膜电位的差异。利用基因组和转录组测序,比较突变菌株与野生型的突变位点及差异表达基因,从而探究导致异丁醇耐受的分子机制。
当突变影响基因编码区，并且转录组显示其在肿瘤和正常组织中表达有异，说明突变与疾病关联明显。分析内容包括：体细胞突变预测，关注高频突变基因；亚组分型分析，通过突变基因聚类和亚型划分，结合临床信息进行深入功能研究；染色体重排与表达的联合分析，关注染色体结构变异对基因表达的影响；拷贝数变异与表达的...
基因组重测序是挖掘候选基因的重要手段,转录组测序则是研究基因表达量差异的主要方法。通过基因组重测序中的全基因组关联分析(GWAS )、数量性状基因座(QTL)等方式可以挖掘到重要性状的关键候选基因。通过比较两个差异表型样本的转录组数据,可以研究通过重测序手段得到的候选基因的表达量情况,两者相结合可以便于后续研究分...
1、测了日本比目鱼的高质量基因组,通过比对分析两种比目鱼(半滑舌鳎、日本比目鱼)的基因组与转录组,发现了甲状腺激素和视黄酸信号转导,以及光换能(phototransduction)过程在这个发育进程中的重要作用。 2、鉴定了调节变态发育和建立身体不对称结构的基因和发育途径。揭示了在变态期间,皮肤中视蛋白...
疾病的发生发展是一个复杂的过程,DNA、表观遗传的变异、基因表达水平的异常等都会影响身体的健康状态。单一组学已很难满足科研需求,随着测序技术的普及和分析方法的完善,多组学联合的方法逐渐成为主流,疾病研究也呈现出多组学发展的趋势,在研究疾病致病机理、筛选治病靶点的研究中发挥重要作用。整合基因组学和转录组学数...