一、siRNA设计 小干扰RNA(Small interfering RNA;siRNA)是一段长度在20-25个核苷酸之间的RNA双链,其生物应用较多,目前主要用于干扰RNA,达到调节基因表达(敲减)的目的,其本质是siRNA和相应的mRNA特异性结合、降解,继而实现阻滞mRNA继续翻译的目的。 设计原则: 1.siRNA序列不宜过长,超过30nt易导致其与其他mRNA非特异...
♦siRNA序列中不应出现与目标基因以外的其他基因高度相似的序列,以减少脱靶效应。 ♦目前没有研究报道siRNA的干扰效率与mRNA中具体位置的关系,因此,在设计siRNA时候应考虑多条siRNA,siRNA对应到靶基因的不同位置或在靠近3′端多设计一条,不同序列之间间隔应该在25-30bp之上。 8. siRNA正义链的碱基偏爱性 正义链...
目前没有发现siRNA的干扰效率与mRNA中具体位置的关系,为确保对靶mRNA的有效抑制,针对每一个靶基因结合上述siRNA设计原则选择靶点相差25bp以上的4星半以上的至少3条序列。随后将siRNA片段进行Blast分析,尽量选择与靶基因特异结合的序列,进行化学合成后,通过体外实验筛选出沉默效率最高的siRNA 序列进行下一步的基因功能研究。
点击“CDS”进入以下界面;棕色标注即为CDS区,将其复制到WORD,通过查找工具,验证拟设计的siRNA是否在该区域,若不在该区域,则该siRNA序列不可用;若在该区域,记录siRNA序列的起始位置(本例为770-790,确定具体位置比较麻烦,可以用BLAST直接查找,具体操作步骤见第二种...
siRNA分子设计,合成,筛选服务—分子平台 siRNA是一种双链RNA分子,长度约在21-23个核苷酸之间。其作用机制是在细胞内通过反义链与目的基因的mRNA序列互补结合,通过形成RNA诱导沉默复合物(RISC)切割mRNA,导致mRNA被降解,从而抑制目的基因的表达。siRNA技术因其高效、高特异性、低毒性等优点,在药物研究领域得到了广泛关注...
sirna基因序列ambion检测靶位 1.对每个基因设计并检测两到四个siRNA序列 为了找到潜在靶位点,扫描靶基因中的AA序列。记录每个AA3’端19个核苷酸作为 潜在siRNA靶位点。潜在靶位点需通过GENBANK数据库的BLAST分析,去除那些与其它基因 明显同源的靶位点。如果可能,siRNA应根据mRNA低二级结构的区域设计。美国著名RNA 产品公...
本发明还涉及利用位置特异性记分矩阵方法来鉴定siRNA靶外基因的方法。本发明还涉及设计具有较高沉默效率和特异性的siRNA的方法。本发明还涉及包括具有高沉默效率和特异性的siRNA的siRNA文库。 法律状态 法律状态公告日 法律状态信息 法律状态 2007-03-07 公开 公开 2007-05-02 实质审查的生效 实质审查的生效 2010-06...
试验一:KC2用于siRNA递送的阳离子脂质的合理设计[1] 本实验中,研究人员采用了一种合理的方法来设计阳离子脂质,并制备用于递送小干扰RNA(siRNA)的配方。以稳定核酸脂质颗粒(SNALP)的关键脂质成分1,2-二甲醇氧基-3-二甲基氨基丙烷(DLinDMA)为例,研究人员利用所提出的可电离阳离子脂质的体内作用机制来指导设计具有...
摘要: 详细说明了如何通过对特定基因mRNA序列进行分析设计具有较高基因沉默效应的siRNA方法,并应用该方法针对小鼠早幼粒细胞白血病基因pml3设计相应的siRNA.通过RTPCR和WesternBlot的方法,验证了其对pml3基因表达的抑制效果,实验证明通过我们提出的方法所设计的siRNA具有较高的基因沉默效应.关键词:...