一、siRNA设计 小干扰RNA(Small interfering RNA;siRNA)是一段长度在20-25个核苷酸之间的RNA双链,其生物应用较多,目前主要用于干扰RNA,达到调节基因表达(敲减)的目的,其本质是siRNA和相应的mRNA特异性结合、降解,继而实现阻滞mRNA继续翻译的目的。 设计原则: 1.siRNA序列不宜过长,超过30nt易导致其与其他mRNA非特异...
目前没有发现siRNA的干扰效率与mRNA中具体位置的关系,为确保对靶mRNA的有效抑制,针对每一个靶基因结合上述siRNA设计原则选择靶点相差25bp以上的4星半以上的至少3条序列。随后将siRNA片段进行Blast分析,尽量选择与靶基因特异结合的序列,进行化学合成后,通过体外实验筛选出沉默效率最高的siRNA 序列进行下一步的基因功能研究。
1. siRNA的设计是决定RNAi实验成败关键性的第一步。 并非每个siRNA都能有效引发基因沉默。和引物设计一样,设计有效的siRNA也有一些经过前人经验总结出的规则,而且这些规则随着对siRNA研究的深入也在不断完善之中。有一些开放的免费在线工具可用。付费的软件成功率比较高,3个保证中2个。 2. siRNA的反义链3'端最好...
点击“CDS”进入以下界面;棕色标注即为CDS区,将其复制到WORD,通过查找工具,验证拟设计的siRNA是否在该区域,若不在该区域,则该siRNA序列不可用;若在该区域,记录siRNA序列的起始位置(本例为770-790,确定具体位置比较麻烦,可以用BLAST直接查找,具体操作步骤见第二种...
1. siRNA序列设计:siRNA序列设计需要遵循的原则较多,但在实际的设计过程中,会有siRNA设计网站或软件辅助设计,并根据我们的基因序列给出多个siRNA供选择,推荐选择分数较高的几个siRNA序列用于后续特异性验证。 常用的siRNA设计网站有:https://sirna.wi.mit.edu/home.php(需注册,能给出siRNA的热力学差异);https://...
siRNA 基因沉默效率取决于靶序列和 siRNA 两部分。 对于靶序列选择,我们需要避免选择基因内含子、5'UTR、3'UTR 设计 siRNA。UTR 存在的丰富调控蛋白结合位点可能影响 RISC 和靶序列的结合。一般来说 RNAi 沉默最佳靶序列区域是基因 CDS 转录起始位点下游 50-100bp。
11小rna基因技术相关实验6sirna实验设计序列.pptx,在线设计基因、lncRNA的siRNA/shRNA序列24351siDirectDSIRSigmainvivogenRNAi Codex1siDirect(寻找基因、lncRNA的siRNA序列)siDirect网址:2:点击,自动出现对应序列1:输入基因的accession number(NCBI)3:点击,设计
siRNA分子设计,合成,筛选服务—分子平台 siRNA是一种双链RNA分子,长度约在21-23个核苷酸之间。其作用机制是在细胞内通过反义链与目的基因的mRNA序列互补结合,通过形成RNA诱导沉默复合物(RISC)切割mRNA,导致mRNA被降解,从而抑制目的基因的表达。siRNA技术因其高效、高特异性、低毒性等优点,在药物研究领域得到了广泛关注...
sirna基因序列ambion检测靶位 1.对每个基因设计并检测两到四个siRNA序列 为了找到潜在靶位点,扫描靶基因中的AA序列。记录每个AA3’端19个核苷酸作为 潜在siRNA靶位点。潜在靶位点需通过GENBANK数据库的BLAST分析,去除那些与其它基因 明显同源的靶位点。如果可能,siRNA应根据mRNA低二级结构的区域设计。美国著名RNA 产品公...