同源建模是一种基于已知同源蛋白质结构预测目标蛋白质三维结构的生物信息学方法,其核心在于利用序列相似性推断结构保守性。该技术通过模板匹配、结构映射和模型优化等步骤,为缺乏实验数据的蛋白质提供结构预测方案。 一、基本原理与逻辑 同源建模建立在蛋白质进化保守性原理上,认为序列同源性超...
常用的同源建模方法有: 1. SWISS-MODEL 对于有同源结构,且序列覆盖度很高的,可以用swiss-model,swiss-model不能补充非匹配的氨基酸,比如模板是1-50个氨基酸,你的序列是1-58,那么51-58的结构是无法用swiss-model建模的。 swiss-model的使用方法:同源建模方法 2. MODELLER 可以解决预测结构比模板结构长的问题,也只...
根据最新一届国际建模大赛(CASP)的分类,目前主要的蛋白质建模方法包括两种:基于模板的建模(Template-based Modeling)和自由建模(Free Modeling)。前者又包括两种方法:同源建模法(Homology Modeling)和“穿线法”(Threading)。后者主要以从头计算法(ab initio)为主。所有的建模方法中,以同源建模法(Homology Modeling)使用...
同源建模_精品文档 同源建模 同源建模概述及原理 使用这种方法有两个前提条件:首先，目标序列的同源蛋白质中某一个或者几个结构已经被解析(x射线或者NMR结构均可)；其次，目标序列与该蛋白质的同源性足够高，一般50％以上的同源性能够得到比较合理的构象。原理是序列相似则结构相似,即存在同源关系的两条序列具有相似的...
🛠️ 同源建模的主要步骤 选择合适的同源模板:从已知蛋白质结构数据库中挑选与目标蛋白质序列相似的模板。 序列比对:比对目标蛋白质序列与同源模板序列,找到保守区域。 模型构建:将同源模板的结构信息映射到目标蛋白质上,利用空间重排、侧链修正等技术构建三维结构模型。
同源建模能够根据已知的相似数据集进行 建模,提高模型的准确性。 可解释性 同源建模能够提供较为直观和易于理解的 模型解释。 01 同源建模概述 缺点分析 01 数据要求高 同源建模需要足够相似性 的数据集,对数据质量和 数量要求较高。 03 模型泛化能力有限 由于同源建模基于相似性 原理,模型的泛化能力可 能受到限制...
同源建模详细讲解整理版 下载积分: 630 内容提示: 可源建模详细讲解整理版 文档格式:PPTX | 页数:57 | 浏览次数:2 | 上传日期:2025-02-19 08:37:33 | 文档星级: 可源建模详细讲解整理版 阅读了该文档的用户还阅读了这些文档 24 p. 统计与概率综合测试题x - 经典试题解析与模拟 26 p. 真题基础知识...
同源建模的基本流程为: 序列搜索(query),获得已知结构的同源蛋白作为模板蛋白; 多重序列比对(multiple sequence alignment),确定同源蛋白的结构保守区(SCRs)和相应的框架结构(framework); 构建目标蛋白的三维结构,包括主链、侧链和环区建模,通常采用拷贝骨架、构建侧链、补全缺失残基和优化环区等...
建模步骤 同源建模常用的建模软件有Modeller,Easy Modeller,Swift Modeller,Discovery Studio,Swiss Model,I-TASSER,HOMCOS等等。 其中Swiss model是一个基于ExPASy web的同源模建服务器,其目的是为了让全世界所有生命科学研究人员都能接触蛋白质...
[名词解释] 同源建模 相关知识点: 试题来源: 解析 是一种蛋白质结构预测方法,具体指是利用同同源蛋白质结构为模板来预测未知蛋白质的结构。同源性大于50%时,结果比较可靠;30～50%之间,其结果需要参考其它蛋白的信息。同源性小于30%时,人们一般采用折叠识别方法。同源性更小时,从无到有法更有效。