同源建模(Homology Modeling)是指根据模板蛋白将一级序列转成 3D 结构。我们在获得蛋白质的序列后,可通过与同源蛋白的结构比对预测目标蛋白的三级结构。对于尚未或者无法获得实验晶体结构的蛋白质,同源建模无疑是一种重要而有效的辅助手段。 适用范围 通过AlphaFold 2或Swiss-model进行同源建模,预测蛋白3D结构。 步骤流程...
同源建模是一种利用已知蛋白质结构信息来预测未知蛋白质三维结构的方法。这种方法的核心思想是,如果两个蛋白质序列具有足够高的同源性(即序列相似度),那么它们的结构也应该是相似的。具体来说,同源建模的步骤如下: 1. 目标模板识别:在已知蛋白质结构的序列数据库中搜索与目标序列具有同源性的已知结构蛋白作为模板。这...
1.用Pymol软件依次打开需要比对的同源序列,依次点击各个序列的活性位点,调整为球棍模型,调整颜色。 2.选择Alignment对同源序列进行比对。此时序列会大部分重合在一起,但是会出现部分序列活性位点不重合的现象。 3.再次选择Alignment插件进行比对,选择cealign将同源序列的活性位点重合(如下图)。 4.调整背景颜色为Grey或...
1. 模板搜寻:在SwissModel在线平台中,成功找到与目标蛋白质序列具有较高同源性的模板蛋白质。 2. 模型构建:根据模板蛋白质的三维结构,成功构建了目标蛋白质的三维结构模型。 3. 模型优化:使用MOE软件对模型进行优化,优化后的模型具有更低的能量。 4. 模型验证:通过比对实验结果和预测结构,验证同源建模的准确性。预...
建模步骤 同源建模常用的建模软件有Modeller,Easy Modeller,Swift Modeller,Discovery Studio,Swiss Model,I-TASSER,HOMCOS等等。 其中Swiss model是一个基于ExPASy web的同源模建服务器,其目的是为了让全世界所有生命科学研究人员都能接触蛋白质...
【CADD】构建已有小分子构效关系模型-QSAR分类以及3DQSAR基本流程 925 0 01:33 App 【CADD】Pymol软件使用(以伊马替尼为例) 684 0 05:54 App 【CADD】同源建模基本步骤—Loop建模、侧链建模 4964 0 00:25 App 【COMSOL光电】光子晶体能带、优化波导的有效折射率、契形波导、手性球散射 1.3万 1 30:53 App...
762 0 02:42 App Discovery Studio | 多序列同源建模 1642 0 02:27 App Discovery Studio | MMPBSA计算分子动力学轨迹结合能 1483 0 08:09 App 如何使用Discovery Studio软件根据化学反应对先导化合物改造优化 3648 0 06:41 App Discovery Studio | 使用ZDOCK进行单受体蛋白-多配体蛋白对接 877 0 15:22 ...
1. 同源建模原理介绍 1.1 同源建模的功能及使用场景 1.2 同源建模的方法 2. Swiss-Model 同源建模; 2.1同源蛋白的搜索(blast等方法) 2.2 蛋白序列比对 2.3 蛋白模板选择 2.4 蛋白模型搭建 2.5 模型评价(蛋白拉曼图) 2.6 蛋白模型优化图二:最佳模型结果Spike: Model_03 ...
百度试题 题目简述同源建模一般步骤。相关知识点: 试题来源: 解析 (1)氨基酸序列获取; (2)模板蛋白的筛选:数据库搜索,模板的确定; (3)与模板序列的比对; (4)模型的初步构建; (5)模型的优化; (6)模型评价。反馈 收藏