单细胞RNA测序(scRNA-seq)Cellranger流程入门和数据质控 细胞定量是scRNA-seq重要的分析步骤,主要是进行细胞与基因的定量, cell ranger将比对、质控、定量都封装了起来,使用起来也相当便捷。 1. 参考基因组和注释文件准备 1.1 参考基因组、注释下载和参考基因组索引构建 参考基因组、注释下载注释和参考基因组索引参考...
QC: cutadaptb不错哦 如果只想进行定量,那就用bowtie、bowtie2比对,再用RSEM定量,这CNS用得最多;但是,单细胞能用TPM吗?显然不行,因为表达基因的数量差异太大了,这会带来很严重的偏差。 如果想要Reads count,那还是用FeatureCounts吧。(网上貌似说FeatureCounts比HTseq算法更好一些,但是HTseq2015年发表以来,引用了...
We calculated the read counts and transcripts per million (TPM) values using pseudoalignment of scRNA-seq reads to both protein-coding and lncRNA transcriptomes, as implemented in Kallisto (v0.46.0) [60] with default parameters, and summarized expression levels from the transcript level to the ...
首先,将单细胞FACS(荧光激活细胞分选术)分选到包含裂解缓冲液(基于三氟乙醇)的384孔PCR板中的单个孔中,并记录下每个单独单元的FACS参数,在数据分析时对其进行整合。接下来,通过板内冷冻和煮沸裂解细胞,并在过夜消化后,使用16-plex TMTPro技术标记单细胞。在下一步骤中,将14个单细胞与助推器中的等效的200个细胞混...
3. 定量分析 featurecount通过subread安装 1 condainstall-y subread 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 #!/bin/bash IFS=, # parameters out_dir="reads_count" cpu=10 ref="/home/lizhixin/project/Data_center/references/lncRNA/ucsc_hg38_index" ...