单细胞RNA测序(scRNA-seq)Cellranger流程入门和数据质控 细胞定量是scRNA-seq重要的分析步骤,主要是进行细胞与基因的定量, cell ranger将比对、质控、定量都封装了起来,使用起来也相当便捷。 1. 参考基因组和注释文件准备 1.1 参考基因组、注释下载和参考基因组索引构建 参考基因组、注释下载注释和参考基因组索引参考...
首先,将单细胞FACS(荧光激活细胞分选术)分选到包含裂解缓冲液(基于三氟乙醇)的384孔PCR板中的单个孔中,并记录下每个单独单元的FACS参数,在数据分析时对其进行整合。接下来,通过板内冷冻和煮沸裂解细胞,并在过夜消化后,使用16-plex TMTPro技术标记单细胞。在下一步骤中,将14个单细胞与助推器中的等效的200个细胞混...
QC: cutadaptb不错哦 如果只想进行定量,那就用bowtie、bowtie2比对,再用RSEM定量,这CNS用得最多;但是,单细胞能用TPM吗?显然不行,因为表达基因的数量差异太大了,这会带来很严重的偏差。 如果想要Reads count,那还是用FeatureCounts吧。(网上貌似说FeatureCounts比HTseq算法更好一些,但是HTseq2015年发表以来,引用了...
【佳学基因检测】RNAseq科研服务单细胞测序基因检测中的基因和外显子定量分析 佳学基因单轨分析中使用Megadepth分析STAR输出的拼接对齐BAM文件。Megadepth生成一个代表每个基因组基础覆盖深度的bigWig文件。Megadepth还总结了提供的BED文件中定义的基因组间隔内的测序覆盖率。佳学基因通过从一个或多个基因注释中获取所有不...
3. 定量分析 featurecount通过subread安装 1 condainstall-y subread 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 #!/bin/bash IFS=, # parameters out_dir="reads_count" cpu=10 ref="/home/lizhixin/project/Data_center/references/lncRNA/ucsc_hg38_index" ...
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