北京时间2024年11月5日，中国科学院动物研究所携手华大生命科学研究院、北京基因组研究所（国家生物信息中心），在Cell上发表研究成果，利用华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq，构建了全球首份多器官衰老时空图谱，增强了对衰老生物学机制的理解，找到了可用于衰老预警和评估的新型生物学标志物，并为进一步探索衰老的
Stereo-seq同时实现了亚细胞分辨率和厘米级视野,为获得单细胞水平全组织的全面空间基因表达谱提供了技术基础。 由于细胞膜/细胞壁染色图像缺少“轨迹线”信息,利用细胞核染色图像将细胞膜/细胞壁染色图像与空间基因表达图谱对齐,从而在细胞分割步骤中获得细胞边界信息。 直接将分子分配到相应的细胞上,获得单细胞空间基因表...
在此次研究中,科研团队运用 Stereo-seq 技术,对肝细胞癌(HCC)患者的 TLSs 及其微环境进行了近单细胞分辨率的空间转录组学分析。研究样本涵盖了 22 例未经治疗的 HCC 患者和 7 例接受新辅助抗PD-1 免疫治疗的患者的肿瘤组织。 图2代码 # 导入必要的库 import numpy as np import pandas as pd import matplot...
此研究成功建立了该物种4种组织(根、茎和下胚轴)的空间增强分辨率组学测序(Stereo-seq ),鉴定了18种细胞簇,来自不同部位的同一组织可进一步分亚簇,亚簇的富集基因与它们的功能相符。顶针顶部拥有一类独特的细胞簇13,它们与糖苷和皂苷的合成有关,可能保护胚珠免受地下害虫的侵害。总之,该研究为Stereo-seq技术在非模...
Stereo-seq*是华大自主研发的时空转录技术,该技术基于DNA纳米球(DNA Nano Ball,DNB)开发,具有高通量、超高分辨率、大视场的原位全景式技术、可以实现同一样本在组织、细胞、亚细胞、分子“四尺度”同时进行空间转录分析。该技术通过时空芯片捕获组织中的mRNA,并...
4月29日，2024中关村论坛年会“重大成果专场发布会”在北京举行，面向全球重磅发布了一批重大原创成果、重磅创新政策、最新研究报告，持续打造全球前沿科技和未来产业的“风向标”。华大时空组学技术Stereo-seq作为“面向人民生命健康”的重大科技成果之一入选并发布。本届中关村论坛以“创新：建设更加美好的世界”为主题，...
Stereo-seq时空组学技术作为一种基于 DNA 纳米球 (DNB) 模式阵列的全基因组技术与其他空间转录组技术相比,实现了500nm的分辨率,成为全球首个同时实现“纳米级分辨率”和“厘米级全景视场”的技术,且实现了基因与影像同时分析。到目前为止,Stereo-seq在癌症研究领域已发表多篇文章,今天我们就一起来看一下吧。
杭州华大生命科学研究院、深圳华大生命科学研究院联合广东省医学科学院、华南师范大学、武汉大学等多家科研单位,利用华大自主研发的高分辨率时空组学技术Stereo-seq,绘制了首个蝾螈端脑发育及再生的时空单细胞转录组图谱,鉴定了蝾螈端脑再生过程中...
虽然Stereo-seq在嗅球和大脑组织的侧向扩散控制方面存在不足,但在眼组织中其控制能力明显优于其他技术。这表明Stereo-seq在某些特定组织类型中可能具有独特的优势,能够为研究者提供更准确的mRNA空间分布信息。 然而,值得注意的是,下采样并不能解决Stereo-seq数据中的侧向扩散问题,这可能与该技术原理或实验操作相关。因此...
相较国际同类技术,Stereo-seq通过时空捕获芯片,结合原位RNA捕获,实现了500 nm的分辨率,同时捕获面积可达13cm x 13cm,成为全球首个同时实现“纳米级分辨率”和“厘米级全景视场”的技术,且实现了基因与影像同时分析。与当前其他技术相比,在相同的精度下,Stereo-seq具备更灵敏和更强的mRNA捕获能力。该技术作为新时代的分...