受体和配体的预处理方式与我们之前推文中有关分子对接的内容中方法相同,可通过各类软件如:PyMOL、Chimera、DS、薛定谔、MOE等,这里不再赘述。本例中使用薛定谔进行预处理,将处理好的受体保存为protein.pdb文件,准备10个配体分子,分别保存为ligand1~10.mol2文件,其中ligand1.mol2为原配体分子。 在配体分子路径中打开...
从PDB首页的搜索条里,可以通过搜索PDB ID、分子名称、作者姓名等关键词来查找蛋白质三级结构。此外,利用高级搜索工具,可以通过序列相似性搜索获得与输入序列在序列水平上相似的蛋白质的三级结构。搜索方法选 BLAST,输入序列,点击“Result Count”。这里不详细介绍,因为我们做分子对接,通常蛋白名称是已知的。我们重点介绍...
如果只有2D结构sdf文件，则在转换的时候需要在OpenBabel中修改两个位置，1️⃣Add hydrogens appropriate for this pH输入7.4（人体正常pH为7.4）；2️⃣Generate 3D coordinates的前面需要勾选。3、对大分子蛋白进行去水、去配体 打开PyMOL软件，导入上面使用Uniprot下载的蛋白pdb文件。输入后长这样，围绕蛋...
接下来我们用ADT分析对接结果,先把当前窗口的所有分子删除。 通过Analyze-Dockings-Open来打开分子对接的输出文件1e8y.dlg。 然后就显示了结果,但我们不是有10个对接结果吗,这里只显示一个。 会弹出这么一个窗口 然后按下图操作,显示对接信息。 我们可以看到,当前结果的结合能是-5.36,在对接位置处产生了4个氢键,...
分子对接方法根据不同的简化程度分为三类:刚性对接、半柔性对接和柔性对接。刚性对接指在对接过程中,受体和配体的构象不发生变化,适合研究比较大的体系如蛋白-蛋白之间以及蛋白-核酸之间,计算简单,主要考虑对象之间的契合程度。半柔性对接常用于小分子和大分子的对接,在对接过程中,小分子的构象可以在一定范围内变化,但...
小白也可以做高大上的分子对接了!#科研者之家 #论文 #科研 #分子对接 小白也可以做高大上的分子对接了,文献中可以做这样这样这样的图。使用方法,小白话进入官网顶部,支持小分子多肽、蛋白质和蛋白质的对接,分析分子哪个选哪个。左边可见只需三步
接下来我们显示这4个氢键对接在氨基酸上的那几个残基上。首先,点击蛋白质(p)的S,点击sticks。 然后点击ligand的A,点击center,将配体小分子设置为中心。后面可以通过鼠标放大缩小旋转都以它为中心。 然后我们放大(长按鼠标右键拖动),旋转到合适角度,可以看见。
注意:分子对接用到的文件一定要放在一个文件夹中,就是上篇推文autodock分子对接教程-软件的安装到的,放入包含(adt.bat,autodock4.exe, autogrid4.exe)的文件夹,不然后面对接的时候可能会报错 1、蛋白质数据获取 打开Uniprot数据库,输入蛋白名 https://www.uniprot.org/ ...
2、导入大分子 Grid-Macromolecule-open-“MMP9.pdbqt” 询问是否保留电荷,点击YES 3、导入小分子 Grid-Set Map Types-Open Ligand 选择“lox.pdbqt” 4、生成对接盒子 Grid-Grid Box,调整参数使盒子刚好全部包含大分子 见图:1-整体放大盒子,最大可调至1.000. ...